Selon l'inscription sur les murs du principal temple, la construction de l'église a commencé le 9 mai 1647 et la consécration a eu lieu le 16 juin 1650 par le métropolite de Rostov, Varlaam. Le temple a deux étages, deux porches, un sous-sol élevé, un clocher en forme de tente et une galerie. Il comprend quatre chapelles : au sud, une église chaude au nom de la Protection de la Mère de Dieu, au coin nord-est, une chapelle au nom des martyrs Gouri, Samon et Avive, dans l'autel du principal temple, une chapelle au nom de Varlaam de Khoutyn. Dans la tour sud-ouest avec un haut sommet en tente se trouve la chapelle de la Déposition, où était conservée une partie de la Tunique du Seigneur, envoyée par le patriarche de Moscou Joseph I et le tsar Alexis Mikhaïlovitch en cadeau à l'église d'Élie. À l'époque soviétique, elle était considérée comme perdue, mais en 2003, elle a été retrouvée dans les fonds du musée-réserve de Yaroslavl. Dans le sous-sol de l'église se trouvait la sépulture des bâtisseurs de l'église, les Skripins et leurs descendants. Les commanditaires de la construction étaient les marchands Vonifati et Ioanniki Skripins de Novgorod. Avant l'église en pierre des Skripins, deux églises en bois se trouvaient ici. L'église d'Élie le Prophète appartient au type traditionnel de cathédrale : une structure cubique à quatre piliers avec cinq dômes sur des tambours lumineux. L'ensemble comprend l'église d'hiver de la Protection de la Mère de Dieu, les chapelles, une galerie à deux niveaux, un clocher et deux porches. La composition est asymétrique et picturalement équilibrée, le fronton ouest étant le plus expressif. Le clocher en forme de tente et la chapelle de la Déposition avec la galerie forment une composition linéaire. Le clocher est plus proche du carré du principal temple que la chapelle de la Déposition. La chapelle de Gouri, Samon et Avive servait d'église domestique aux Skripins et se trouve au bout de la galerie nord. L'église chaude de la Protection avec la salle à manger est adjacente au temple central au sud. Deux grands porches mènent à une vaste galerie. Chaque façade du temple est unique, les façades ouest et sud étant particulièrement ornées. Les détails de la décoration donnent au temple un aspect pictural. La peinture de l'église d'Élie, réalisée de 1680 à 1717, a une importance mondiale. À l'intérieur du temple et dans l'autel, la peinture murale a été commandée par la veuve de Vonifati Skripin, Ulita Makaryevna. Les iconographes qui ont travaillé sur la peinture étaient parmi les meilleurs du XVIIe siècle. La peinture couvre l'intérieur d'un tapis continu de 970 médaillons narratifs. Le dôme central est décoré d'un symbole de la Patrie, et les petits tambours, d'images du Grand Archevêque, de la Mère de Dieu de la Signification et d'autres. Sur les voûtes sont représentées des fêtes, et les murs du temple sont divisés en cinq niveaux narratifs. Dans l'autel est représentée la scène liturgique de la Grande Entrée. Dans la chapelle de Gouri, Samon et Avive, la peinture est dédiée aux scènes de la vie et des souffrances des saints titulaires. La chapelle de la Déposition est un chef-d'œuvre de l'art décoratif de Yaroslavl. La chapelle de la Protection est dédiée au thème marial. Dans la peinture murale, on devine la main du célèbre peintre Fiodor Fiodorov. Le porche de l'église d'Élie comprend plusieurs cycles iconographiques. Dans le porche ouest, des scènes de l'Apocalypse de Jean sont représentées. Les fresques de l'église d'Élie sont reconnues comme un monument de niveau mondial. L'iconostase de 1650 a été remplacée en 1696 par un nouvel iconostase sculpté doré à six niveaux. Certaines icônes ont été peintes par d'éminents iconographes de Yaroslavl. À l'intérieur de l'église se trouvent des lieux de prière royaux et patriarcaux du XVIIe siècle. En 1896, une clôture a été construite autour de l'église. De 1899 à 1904, des travaux de restauration ont été réalisés grâce aux fonds d'Ivan Alexandrovitch Vakhromeyev. Depuis 1930, un musée de peinture et d'architecture russe médiévale est ouvert dans l'église. Depuis le début des années 2000, des services religieux ont de nouveau lieu dans l'église.