Según la inscripción de la construcción en las paredes del templo principal, la construcción de la iglesia comenzó el 9 de mayo de 1647 y la consagración tuvo lugar el 16 de junio de 1650 por el metropolitano de Rostov, Varlaam. El templo tiene dos pisos, dos pórticos, un alto sótano, un campanario en forma de tienda y una galería. Tiene cuatro capillas: en el lado sur, una iglesia cálida en honor de la Protección de la Madre de Dios, en la esquina noreste, una capilla en honor de los mártires Gurias, Samón y Aviv, y en el altar del templo principal, una capilla en honor de Varlaam de Jutyn. En la torre suroeste con un alto techo en forma de tienda se encuentra la capilla de la Asunción, donde se guardaba parte de la Túnica del Señor, enviada como regalo a la iglesia de Elías por el patriarca de Moscú, José I, y el zar Alexéi Mijáilovich. Durante la época soviética se consideraba perdida, pero en 2003 fue encontrada en los fondos del museo-reserva de Yaroslavl. En el sótano del templo se encontraba la cripta de los constructores del templo, los Skripin y sus descendientes. Los encargados de la construcción fueron los comerciantes Vonifati y Ioanniki Skripin de Novgorod. Antes de la iglesia de piedra de los Skripin, aquí había dos iglesias de madera. La iglesia de Elías el Profeta pertenece al tipo tradicional de catedral: una estructura cúbica de cuatro pilares con cinco cúpulas sobre tambores luminosos. El conjunto incluye el templo invernal de la Protección de la Madre de Dios, las capillas, una galería de dos niveles, el campanario y dos pórticos. La composición es asimétrica y está pintorescamente equilibrada, siendo la fachada occidental la más expresiva. El campanario y la capilla de la Asunción con la galería forman una composición lineal. El campanario está más cerca del cubo del templo principal que la capilla de la Asunción. La capilla de Gurias, Samón y Aviv servía como iglesia doméstica de los Skripin y se encuentra al final de la galería norte. La cálida iglesia de la Protección con el comedor se adosa al templo central desde el sur. Dos grandes pórticos conducen a una amplia galería. Cada fachada del templo es individual, siendo especialmente ornamentadas las occidental y sur. Los detalles de la decoración le dan al templo un aspecto pintoresco. La pintura de la iglesia de Elías, creada entre 1680 y 1717, tiene un significado mundial. En el interior del templo y el altar están decorados con pintura mural por encargo de la viuda de Vonifati Skripin, Ulita Makárievna. Los iconógrafos que trabajaron en la pintura eran algunos de los mejores del siglo XVII. La pintura cubre el interior con una alfombra continua de 970 escenas. La cúpula central está adornada con el símbolo de la Patria, y los pequeños tambores, con imágenes del Gran Arzobispo, la Madre de Dios de la Señal y otros. En las bóvedas se representan festividades, y las paredes del templo están divididas en cinco niveles de escenas. En el altar se representa la escena litúrgica de la Gran Entrada. En la capilla de Gurias, Samón y Aviv, la pintura está dedicada a escenas de la vida y martirio de los santos titulares. La capilla de la Asunción es una obra maestra del arte decorativo de Yaroslavl. La capilla de la Protección está dedicada al tema mariano. En la pintura mural se puede reconocer la mano del famoso pintor Fiódor Fiódorov. El pórtico de la iglesia de Elías incluye varios ciclos iconográficos. En el pórtico occidental se representan escenas del Apocalipsis de Juan el Teólogo. Los frescos de la iglesia de Elías son considerados un monumento de nivel mundial. El iconostasio de 1650 fue reemplazado en 1696 por uno nuevo de seis niveles, tallado y dorado. Algunas de las íconos fueron pintadas por destacados iconógrafos de Yaroslavl. En el interior de la iglesia se encuentran los lugares de oración del zar y del patriarca del siglo XVII. En 1896 se construyó una cerca alrededor de la iglesia. Desde 1899 hasta 1904 se llevaron a cabo trabajos de restauración con fondos de Iván Alexandrovich Vakhromeev. Desde 1930, la iglesia alberga un museo de pintura y arquitectura rusa medieval. Desde principios de la década de 2000, se reanudaron los servicios religiosos en la iglesia.