Laut der Bauinschrift an den Wänden des Haupttempels begann der Bau der Kirche am 9. Mai 1647, und die Weihe fand am 16. Juni 1650 durch den Metropoliten von Rostow, Varlaam, statt. Der Tempel hat zwei Etagen, zwei Eingänge, ein hohes Untergeschoss, einen schindelgedeckten Glockenturm und eine Galerie. Es gibt vier Kapellen: auf der Südseite die warme Kirche im Namen der Schutzmantel der Gottesmutter, in der nordöstlichen Ecke die Kapelle im Namen der Märtyrer Guriy, Samon und Aviv, im Altar des Haupttempels die Kapelle im Namen von Varlaam von Chutyn. In dem südwestlichen Turm mit hohem schindelgedecktem Oberteil befindet sich die Rispolozhensky-Kapelle, in der ein Teil des Gewandes des Herrn aufbewahrt wurde, das vom Moskauer Patriarchen Joseph I. und dem Zaren Alexei Michailowitsch als Geschenk an die Iljinsker Kirche geschickt wurde. In der Sowjetzeit galt es als verloren, wurde aber 2003 in den Beständen des Jaroslawler Museums-Reservats gefunden. Im Untergeschoss der Kirche befand sich die Grabstätte der Kirchenbauer Skripins und ihrer Nachkommen. Die Bauherren waren die Kaufleute Woniфатий und Ioannikiy Skripin aus Nowgorod. Vor der steinernen Kirche der Skripins standen hier zwei hölzerne Kirchen. Die Kirche des Propheten Elias gehört zum traditionellen Kathedraltyp: ein kubisches vierstütziges Gebäude mit fünf Kuppeln auf Lichttrommeln. Zum Ensemble gehören die Winterkirche der Schutzmantel der Gottesmutter, die Kapellen, die zweigeschossige Galerie, der Glockenturm und zwei Eingänge. Die Komposition ist asymmetrisch und malerisch ausgewogen, der westliche Fassaden ist am ausdrucksvollsten. Der schindelgedeckte Glockenturm und die Rispolozhensky-Kapelle mit Galerie bilden eine lineare Komposition. Der Glockenturm ist näher am Würfel des Haupttempels als die Rispolozhensky-Kapelle. Die Kapelle von Guriy, Samon und Aviv diente als Hauskirche der Skripins und befindet sich am Ende der nördlichen Galerie. Die warme Schutzmantelkirche mit dem Speisesaal grenzt im Süden an den zentralen Tempel. Zwei große Eingänge führen zu einer geräumigen Galerie. Jede Fassade der Kirche ist individuell, besonders prächtig sind die westliche und die südliche. Die Details der Dekoration verleihen der Kirche ein malerisches Aussehen. Die Malerei der Iljinsker Kirche, die von 1680 bis 1717 geschaffen wurde, hat weltweite Bedeutung. Im Inneren der Kirche und im Altar sind die Wände mit Wandmalerei auf Bestellung der Witwe von Woniфатий Skripin, Ulita Makaryevna, bemalt. Die Ikonenmaler, die an der Malerei arbeiteten, gehörten zu den besten des 17. Jahrhunderts. Die Malerei bedeckt das Innere mit einem durchgehenden Teppich aus 970 thematischen Feldern. Die zentrale Kuppel ist mit dem symbolischen Vaterland geschmückt, und die kleinen Trommeln zeigen den Großen Hierarchen, die Gottesmutter von Znameniye und andere. An den Gewölben sind Feste abgebildet, und die Wände der Kirche sind in fünf thematische Ebenen unterteilt. Im Altar ist die liturgische Szene des Großen Eingangs dargestellt. In der Kapelle von Guriy, Samon und Aviv ist die Malerei den Szenen aus dem Leben und den Märtyrertod der heiligen Titel gewidmet. Die Rispolozhensky-Kapelle ist ein Meisterwerk der jaroslawler dekorativen Kunst. Die Schutzmantelkapelle ist dem marianischen Thema gewidmet. In der Wandmalerei ist die Hand des Malers Fyodor Fyodorov zu erkennen. Die Vorhalle der Iljinsker Kirche umfasst mehrere ikonographische Zyklen. Im westlichen Eingang sind Szenen aus der Offenbarung des Johannes dargestellt. Die Fresken der Iljinsker Kirche gelten als Denkmal von weltweiter Bedeutung. Der Ikonostase von 1650 wurde 1696 durch einen neuen sechsstufigen geschnitzten vergoldeten ersetzt. Einige Ikonen wurden von herausragenden jaroslawler Ikonenmalern geschaffen. Im Inneren der Kirche befinden sich die königlichen und patriarchalen Gebetsplätze des 17. Jahrhunderts. 1896 wurde um die Kirche eine Umzäunung errichtet. Von 1899 bis 1904 fanden Restaurierungsarbeiten auf Kosten von Ivan Alexandrovich Vakhromeev statt. Seit 1930 ist in der Kirche ein Museum für mittelalterliche russische Malerei und Architektur eröffnet. Seit den frühen 2000er Jahren finden in der Kirche wieder Gottesdienste statt.