Selon la légende, à l'emplacement de l'église actuelle se tenait autrefois une tente en bois du métropolite Alexis, d'où il observait la construction du monastère Spaso-Andronikov. Cependant, la première église en bois dédiée au métropolite Alexis n'est mentionnée qu'en 1625. En 1700 et 1701, un temple en pierre avec une chapelle de Nicolas a été construit, mais il n'a pas duré longtemps non plus. En 1748 et 1751, un nouveau bâtiment a été érigé, qui a survécu jusqu'à nos jours.

L'architecte de l'église d'Alexis était Dmitri Oukhtomski, connu pour ses œuvres à l'époque élisabéthaine, telles que le clocher de la Laure de la Trinité-Saint-Serge et les Portes Rouges (ces dernières ont été détruites au XXe siècle). Le temple cubique avec une coupole à deux niveaux est orné de deux niveaux de fenêtres allongées avec des encadrements baroques, des sandriks et des médaillons ovales. Du côté ouest, le temple est attenant à une salle à manger et à un clocher à trois niveaux. Une petite maison de charité pour dix paroissiennes fonctionnait auprès de l'église, leur fournissant un logement et une allocation mensuelle de 7 à 8 roubles provenant des fonds paroissiaux.

L'autel principal du temple est consacré à l'icône de la Mère de Dieu de Fiodor, particulièrement vénérée par la dynastie des Romanov, car c'est avec elle que Mikhaïl Fiodorovitch a été béni pour le trône. C'est la seule église de la capitale consacrée à cette image. La chapelle dans la salle à manger est dédiée au métropolite Alexis, mais le temple est toujours appelé l'église d'Alexis. Une autre chapelle est dédiée à saint Nicolas le Miracle-Faire.

Dans la paroisse d'Alexis se trouvait le domaine des marchands Alexeïev, dont faisait partie le célèbre metteur en scène K.S. Stanislavski. À proximité se trouvait leur usine de dorure, qui au début du XXe siècle est devenue une usine de câbles, et maintenant ses bâtiments servent de centre de bureaux sur la rue Stanislavski. Les Alexeïev ont activement participé à la vie de l'église et ont financé sa rénovation en 1898. Dans leur domaine sur la grande rue Alexeïev, ils ont fondé une maison de charité pour les veuves et les orphelins des marchands.

En 1930 et 1931, l'église d'Alexis a été fermée et prévue pour démolition, mais elle a survécu. Cependant, le bâtiment a beaucoup souffert : les intérieurs, y compris le retable baroque, ont été détruits, les coupoles de l'église et du clocher ont été démolies, les façades se sont détériorées, et de nouvelles annexes ont déformé l'apparence du temple. À l'intérieur, une usine de production d'alliages spéciaux a été installée, puis un bureau de réparation et de construction. Ce n'est qu'au cours des années 2000 que l'église a été remise à la communauté des croyants, et une longue restauration a commencé. Aujourd'hui, le temple a été restauré et a acquis un aspect plus noble, mais les travaux se poursuivent encore.