Según la leyenda, en el lugar de la actual iglesia alguna vez estuvo la tienda de madera del metropolitano Alexio, desde donde observaba la construcción del monasterio de Spaso-Andronikov. Sin embargo, la primera iglesia de madera dedicada al metropolitano Alexio se menciona solo en 1625. En 1700 y 1701 se construyó un templo de piedra con una capilla de Nicolás, pero tampoco duró mucho. En 1748 y 1751 se erigió un nuevo edificio, que ha sobrevivido hasta nuestros días.

El arquitecto de la iglesia de Alexio fue Dmitri Ujdomski, conocido por sus obras en la época elizabetina, como el campanario del Monasterio de la Trinidad de San Sergio y las Puertas Rojas (las últimas fueron destruidas en el siglo XX). El templo cúbico con una cúpula de dos niveles está adornado con dos niveles de ventanas alargadas con marcos barrocos, frontones y medallones ovalados. En el lado oeste, el templo está adyacente a la refectorio y al campanario de tres niveles. Junto a la iglesia funcionaba un pequeño asilo para diez feligresas, que recibían alojamiento y una ayuda mensual de 7-8 rublos de los fondos de la parroquia.

El altar principal del templo está consagrado en nombre del ícono de la Madre de Dios de Fyodorovskaya, especialmente venerado por la dinastía Romanov, ya que fue con este ícono que Mijaíl Fiódorovich fue bendecido para el trono. Esta es la única iglesia en la capital consagrada en honor a esta imagen. La capilla en la refectorio está dedicada al metropolitano Alexio, pero el templo sigue siendo llamado Alexievsky. Otra capilla está dedicada a San Nicolás el Milagroso.

En la parroquia de Alexio se encontraba la mansión de los comerciantes Alexiev, a quienes pertenecía el famoso director de teatro K.S. Stanislavski. Cerca estaba su fábrica de dorado, que a principios del siglo XX se convirtió en una fábrica de cables, y ahora sus edificios sirven como un centro de oficinas en la calle Stanislavski. Los Alexiev participaron activamente en la vida de la iglesia y financiaron su renovación en 1898. En su mansión en la calle Gran Alexiev, fundaron la Casa de Asilo para viudas y huérfanos comerciantes.

En 1930 y 1931, la iglesia de Alexio fue cerrada y se planeó su demolición, pero sobrevivió. Sin embargo, el edificio sufrió mucho: los interiores, incluido el iconostasio barroco, fueron destruidos, las cúpulas de la iglesia y el campanario fueron demolidas, las fachadas se deterioraron y las nuevas adiciones distorsionaron la apariencia del templo. En su interior se instaló una fábrica de aleaciones especiales, y más tarde, una administración de reparaciones y construcción. Solo en la década de 2000, la iglesia fue entregada a la comunidad de creyentes, y comenzó una larga restauración. Hoy en día, el templo ha sido restaurado y ha adquirido un aspecto más noble, pero el trabajo aún continúa.