Laut Überlieferung stand an der Stelle der heutigen Kirche einst ein hölzernes Zelt des Metropoliten Alexius, von dem aus er den Bau des Spaso-Andronikov-Klosters beobachtete. Die erste hölzerne Kirche, die dem Metropoliten Alexius gewidmet war, wird jedoch erst 1625 erwähnt. In den Jahren 1700 und 1701 wurde ein steinernes Gotteshaus mit einer Nikolai-Kapelle erbaut, das jedoch ebenfalls nicht lange bestand. In den Jahren 1748 und 1751 wurde ein neues Gebäude errichtet, das bis heute erhalten geblieben ist.

Der Architekt der Alexejevskaja Kirche war Dmitri Uchtomski, bekannt für seine Arbeiten in der Elisabethanischen Epoche, wie den Glockenturm der Dreifaltigkeits-Sergius-Lawra und die Roten Tore (letztere wurden im 20. Jahrhundert zerstört). Die kubische Kirche mit einer zweigeschossigen Kuppel ist mit zwei Reihen von verlängerten Fenstern mit barocken Rahmen, Sandriken und ovalen Medaillons geschmückt. An der Westseite schließt sich das Speisehaus und der dreigeschossige Glockenturm an die Kirche an. An der Kirche gab es ein kleines Altersheim für zehn Gemeindemitglieder, die Unterkunft und eine monatliche Unterstützung von 7-8 Rubel aus den Gemeindemitteln erhielten.

Der Hauptaltar der Kirche ist im Namen des Fedorowskaja-Ikone der Gottesmutter geweiht, die von der Romanow-Dynastie besonders verehrt wird, da sie Michail Fedorowitsch zum König gesegnet hat. Dies ist die einzige Kirche in der Hauptstadt, die zu Ehren dieses Bildes geweiht ist. Die Kapelle im Speisehaus ist dem Metropoliten Alexius gewidmet, doch die Kirche wird weiterhin Alexejevskaja genannt. Eine weitere Kapelle ist dem heiligen Nikolaus von Myra gewidmet.

In der Alexejevskaja Gemeinde befand sich das Anwesen der Kaufleute Alexejevs, zu denen der bekannte Theaterregisseur K.S. Stanislawski gehörte. In der Nähe befand sich ihre Goldstickerei-Fabrik, die zu Beginn des 20. Jahrhunderts zu einem Kabelwerk wurde, und heute dienen die Gebäude als Bürozentrum in der Stanislawski-Straße. Die Alexejevs beteiligten sich aktiv am Leben der Kirche und finanzierten deren Renovierung im Jahr 1898. In ihrem Anwesen in der Großen Alexejevskaja-Straße gründeten sie ein Haus zur Unterstützung von Witwen und Waisen der Kaufleute.

In den Jahren 1930 und 1931 wurde die Alexejevskaja Kirche geschlossen und sollte abgerissen werden, überlebte jedoch. Das Gebäude wurde jedoch stark beschädigt: Die Innenräume, einschließlich des barocken Ikonostase, wurden zerstört, die Kuppeln der Kirche und des Glockenturms abgerissen, die Fassaden verwitterten, und neue Anbauten verzerrten das Erscheinungsbild der Kirche. Im Inneren wurde eine Fabrik für spezielle Legierungen untergebracht, später ein Reparatur- und Bauamt. Erst in den 2000er Jahren wurde die Kirche der Gemeinde der Gläubigen übergeben, und eine lange Restaurierung begann. Heute ist die Kirche restauriert und hat ein edleres Aussehen angenommen, doch die Arbeiten dauern noch an.