Peut-être en l'honneur de l'héritier du trône, le futur tsar Alexis Mikhaïlovitch, une église en bois chaude, dédiée à Alexis, homme de Dieu, a été érigée au monastère Spaso-Gennadiev dans la seconde moitié des années 1630. Entre 1751 et 1756, à sa place, l'église en briques d'Alexis a été construite, située dans le coin sud-est du monastère et reliée à l'enceinte monastique, qui auparavant était adjacente aux façades nord et sud de la partie est du bâtiment, mais qui n'a pas survécu jusqu'à nos jours.

Pendant la période soviétique, l'église d'Alexis a été réaménagée en bureau de kolkhoze, le premier étage étant utilisé comme entrepôt de grains et de produits chimiques. D'un côté de l'église, un silo a été creusé, et autour, comme dans tout le monastère, des traces de tracteurs sont apparues.

Le 22 juillet 2017, l'évêque de Rybinsk et de Danilov, Veniamin, a consacré l'église en l'honneur du Saint Alexis, homme de Dieu. Actuellement, des services religieux sont célébrés quotidiennement dans l'église.