Möglicherweise wurde zu Ehren des Thronfolgers, des zukünftigen Zaren Alexius Michailowitsch, in der zweiten Hälfte der 1630er Jahre im Spaso-Gennadiew-Monasterium eine hölzerne warme Kirche errichtet, die Alexius, dem Menschen Gottes, gewidmet war. Von 1751 bis 1756 wurde an ihrer Stelle die Ziegelkirche Alexius im südöstlichen Eck des Klosters erbaut, die mit der Klostermauer verbunden war, die zuvor an die nördlichen und südlichen Fassaden des östlichen Teils des Gebäudes angrenzte, aber bis heute nicht erhalten geblieben ist.

In der sowjetischen Zeit wurde die Alexius-Kirche in ein Kolchosbüro umgebaut, das Erdgeschoss wurde als Getreidespeicher und Lager für Pflanzenschutzmittel genutzt. An einer Seite der Kirche wurde eine Silogrube ausgehoben, und rundherum, wie im gesamten Kloster, entstanden Traktorspuren.

Am 22. Juli 2017 weihte der Bischof von Rybinsk und Danilov, Weniamin, die Kirche zu Ehren des Heiligen Alexius, des Menschen Gottes. Derzeit finden in der Kirche täglich Gottesdienste statt.