Posiblemente, en honor al heredero al trono, el futuro zar Alexis Mijáilovich, en el monasterio de Spaso-Genadio, en la segunda mitad de la década de 1630, se erigió un templo de madera, dedicado a Alexis, hombre de Dios. Entre 1751 y 1756, en su lugar se construyó la iglesia de ladrillo de Alexis, ubicada en la esquina sureste del monasterio y conectada con la cerca del monasterio, que anteriormente se adosaba a las fachadas norte y sur de la parte oriental del edificio, pero que no ha sobrevivido hasta nuestros días.

Durante el período soviético, el templo de Alexis fue remodelado para ser utilizado como oficina de un koljós, el primer piso se utilizó como almacén de granos y depósito de productos químicos. De un lado del templo se excavó un silo, y alrededor, al igual que en todo el monasterio, aparecieron surcos de tractores.

El 22 de julio de 2017, el obispo de Rybinsk y Danilov, Benjamín, bendijo el templo en honor al Santo Alexis, hombre de Dios. En la actualidad, se celebran servicios religiosos diariamente en el templo.