En 1363, Serge de Radonège bénit les moines novgorodiens Fiodor et Pavel pour la création d'un monastère. La légende dit que Serge choisit l'emplacement pour la construction du nouveau monastère, prédisant sa prospérité : "Dieu et la Très Sainte Vierge béniront cet endroit, et Boris et Gleb aideront en élevant le monastère". Tous les bâtiments étaient à l'origine en bois, et le monastère a existé sous cette forme pendant 159 ans.

Le monastère de Borisoglebsk jouissait d'une attention particulière de la part des princes moscovites et des premiers tsars russes, qui le considéraient comme leur "domicile". Pendant la guerre civile du XVe siècle, le grand prince Vassili II le Ténébreux y trouva refuge. En 1440, l'igoumène Pitirim baptisa Ivan III, le fils de Vassili le Ténébreux, dans le monastère. Ivan III, tout comme son père, fit de généreux dons au monastère. Sous son fils, Vassili III, la construction en pierre commença en 1522. Pour cela, le maître Grigori Borisov fut invité. Le monastère mit en place la production de briques, extrayait du sable et de la chaux, et apportait des blocs de pierre pour les fondations. Ivan IV le Terrible visita le monastère trois fois, la première en 1545, et fit plus de 20 dons, y compris des livres, de l'argent et une cloche pesant 138 pouds. Des dons furent également faits par les tsars Boris Godounov, Alexeï Mikhaïlovitch et d'autres familles nobles. À la mi-XVIIe siècle, le monastère possédait 22 000 dessiatines de terre et quatre monastères subordonnés, ce qui en faisait l'un des plus riches de la métropole de Rostov. Au début du XVIIe siècle, le saint Irinarh y vécut, prédisant à Vassili Chouïski "la capture de la Russie par les Polonais". Le monastère était visité par des généraux et des princes, qui voyaient en Irinarh un guide spirituel.

À la fin du XVIIe siècle, en même temps que la construction du Kremlin de Rostov, sur ordre de l'archevêque Ion Sissoyevitch, de grands travaux de construction commencèrent au monastère. Cependant, la sécularisation des revenus et des terres de l'Église sous Pierre Ier et Catherine II transforma le monastère en une institution ordinaire de second ordre. Aux XVIIIe et XIXe siècles, le monastère existait grâce à 280 dessiatines de terre, un jardin et des revenus provenant de la location de tours et de boutiques. Parmi les membres de la royauté, seules Catherine II et Alexandre III y firent une visite, et ce, en passant.

Le monastère fut officiellement dissous en 1924. Une partie des bâtiments fut transférée au musée d'État de Rostov, tandis qu'une autre resta aux croyants. À la fin de 1929, il ne restait plus de temples actifs. En 1989, les services religieux dans la cathédrale de Boris et Gleb reprirent, et en décembre 1994, le monastère masculin de Borisoglebsk fut restauré. Depuis 1924, un musée filiale du musée d'État-réserve "Kremlin de Rostov" fonctionne sur son territoire, où des expositions sont présentées et où les passages des murs fortifiés et la tour d'observation sont ouverts aux visiteurs.