En 1363, Sergio de Radonezh bendijo a los monjes novgorodenses Fiódor y Pablo para la creación del monasterio. La leyenda dice que Sergio eligió el lugar para la construcción del nuevo monasterio, prediciendo su prosperidad: "Dios y la Santísima Virgen bendecirán este lugar, y Boris y Gleb ayudarán, elevando el monasterio". Todos los edificios eran inicialmente de madera, y en esa forma el monasterio existió durante 159 años.

El monasterio de Borisoglebsk gozaba de una especial consideración por parte de los príncipes moscovitas y los primeros zares rusos, quienes lo consideraban su "hogar". Durante el periodo de la guerra civil del siglo XV, aquí encontró refugio el gran príncipe Basilio II el Oscuro. En 1440, el igumen Pitirim bautizó en el monasterio a Iván III, hijo de Basilio el Oscuro. Iván III, al igual que su padre, dotó generosamente al monasterio. Durante su hijo, Basilio III, en 1522 comenzó la construcción en piedra. Para ello fue invitado el maestro Grigori Borisov. En el monasterio se estableció la producción de ladrillos, se extraía arena y cal, y se traían grandes piedras para los cimientos. Iván IV el Terrible visitó el monasterio tres veces, la primera en 1545, y realizó más de 20 donaciones, incluyendo libros, dinero y una campana que pesaba 138 puds. También hicieron donaciones los zares Boris Godunov, Alexéi Mijáilovich y otras familias nobles. A mediados del siglo XVII, el monasterio poseía 22 mil desiatinas de tierra y cuatro monasterios subordinados, lo que lo convertía en uno de los más ricos de la metrópoli de Rostov. A principios del siglo XVII, aquí vivió el venerable Irinarj, quien predijo a Basilio Shuisky "la captura de Rusia por los polacos". El monasterio fue visitado por generales y príncipes, quienes veían en Irinarj un guía espiritual.

A finales del siglo XVII, simultáneamente con la construcción del Kremlin de Rostov, por orden del metropolitano Ionas Sysoevich, comenzaron grandes trabajos de construcción en el monasterio. Sin embargo, la secularización de los ingresos y tierras de la iglesia bajo Pedro I y Catalina II convirtió al monasterio en uno de segunda categoría. En los siglos XVIII y XIX, el monasterio existió gracias a 280 desiatinas de tierra, un huerto y los ingresos por el alquiler de torres y tiendas. De las personas reales, solo visitaron este lugar Catalina II y Alejandro III, y solo de paso.

Oficialmente, el monasterio fue disuelto en 1924. Parte de los edificios se transfirió al Museo Estatal de Rostov, y parte quedó en manos de los creyentes. Para finales de 1929, no quedaban templos en funcionamiento. En 1989, se reanudaron los servicios en la catedral de Boris y Gleb, y en diciembre de 1994 se renació el monasterio masculino de Borisoglebsk. Desde 1924, en su territorio funciona un museo filial del Museo Estatal-Reserva "Kremlin de Rostov", donde se presentan exposiciones y están abiertas al público las pasarelas de las murallas y la torre de observación.