Im Jahr 1363 segnete Sergius von Radonesch die Novgoroder Mönche Fjodor und Pawel zur Gründung des Klosters. Die Legende besagt, dass Sergius den Ort für den Bau des neuen Klosters wählte und dessen Wohlstand vorhersagte: "Gott und die heilige Gottesmutter werden diesen Ort segnen, und Boris und Gleb werden helfen, das Kloster zu erheben." Alle Gebäude waren ursprünglich aus Holz, und in dieser Form bestand das Kloster 159 Jahre.

Das Borisoglebsky Kloster genoss die besondere Gunst der Moskauer Fürsten und der ersten russischen Zaren, die es als ihr "Heim" betrachteten. Während des Bürgerkriegs im 15. Jahrhundert fand der große Fürst Wladimir II. Dunkel hier Zuflucht. Im Jahr 1440 taufte der Abt Pitirim im Kloster Ivan III., den Sohn von Wladimir Dunkel. Ivan III., wie sein Vater, beschenkte das Kloster großzügig. Unter seinem Sohn Wladimir III. begann 1522 der Steinbau. Dazu wurde der Meister Grigori Borisov eingeladen. Im Kloster wurde die Ziegelproduktion eingerichtet, Sand und Kalkstein abgebaut, und große Steine für die Fundamente gebracht. Ivan IV. der Schreckliche besuchte das Kloster dreimal, erstmals 1545, und machte über 20 Spenden, darunter Bücher, Geld und eine Glocke mit einem Gewicht von 138 Pud. Auch die Zaren Boris Godunov, Alexei Michailowitsch und andere adlige Familien machten Spenden. Bis zur Mitte des 17. Jahrhunderts besaß das Kloster 22.000 Desjatinen Land und vier untergeordnete Klöster, was es zu einem der reichsten in der Metropolie von Rostow machte. Zu Beginn des 17. Jahrhunderts lebte hier der heilige Irinarh, der Wladimir Schujski die "Eroberung Russlands durch die Polen" vorhersagte. Das Kloster wurde von Feldherren und Fürsten besucht, die in Irinarh einen geistlichen Mentor sahen.

Ende des 17. Jahrhunderts, gleichzeitig mit dem Bau des Rostower Kremls, begannen auf Anweisung des Metropoliten Jona Sysojevich im Kloster umfangreiche Bauarbeiten. Doch die Säkularisierung der kirchlichen Einkünfte und Ländereien unter Peter I. und Katharina II. verwandelte das Kloster in ein gewöhnliches zweitrangiges. Im 18. und 19. Jahrhundert existierte das Kloster von 280 Desjatinen Land, einem Garten und Einkünften aus der Vermietung von Türmen und Läden. Von den regierenden Persönlichkeiten besuchten hier nur Katharina II. und Alexander III., und das auch nur auf der Durchreise.

Offiziell wurde das Kloster 1924 aufgelöst. Ein Teil der Gebäude wurde an das Rostower Staatliche Museum übergeben, ein Teil blieb bei den Gläubigen. Bis Ende 1929 gab es keine aktiven Kirchen mehr. Im Jahr 1989 wurden die Gottesdienste in der Kathedrale von Boris und Gleb wieder aufgenommen, und im Dezember 1994 wurde das Borisoglebsky Männerkloster wiederbelebt. Seit 1924 gibt es auf seinem Gelände ein Museum, das eine Filiale des Staatlichen Museums-Reservats "Rostower Kreml" ist, wo Ausstellungen präsentiert werden und die Übergänge der Stadtmauern sowie der Aussichtsturm für Besuche geöffnet sind.