Le monastère a été fondé vers 1555 sur les rives d'un lac et était sous la direction des métropolites de toute la Russie, puis des patriarches. Avec son apparition dans la région d'Arzamas, le christianisme a commencé à se répandre plus rapidement. À l'origine, les bâtiments du monastère étaient en bois, mais avec le temps, ils ont été remplacés par des structures en pierre. Le plus ancien temple d'Arzamas est considéré comme la cathédrale du monastère en l'honneur de la Transfiguration du Seigneur, qui a été la première à être reconstruite en pierre et a survécu jusqu'à nos jours.

Au début du XXe siècle, le monastère comptait trois églises et un clocher. C'était un monastère communautaire de classe III, qui abritait une école spirituelle et un orphelinat.

En 1927, le monastère Spaso-Transfiguration a été fermé, pillé et gravement endommagé. Par la suite, une usine de couture a été installée dans ses murs, puis une succursale de l'Archives d'État de la région de Nizhny Novgorod, qui s'y trouve encore aujourd'hui.

Le 20 avril 2005, le Saint Synode a décidé de rétablir les activités du monastère. La communauté a reçu l'église en cours de restauration en l'honneur de l'Annonciation de la Sainte Vierge, qui avant la révolution était paroissiale.

La paroisse de l'Annonciation était située près du monastère Spassky, non loin des murs de la forteresse. En 1775 et 1788, un nouveau temple a été construit à l'emplacement de l'église en bois et en pierre, dont l'architecture a partiellement emprunté des éléments de la cathédrale de l'Assomption, récemment construite dans le désert de Sarov.

L'église de l'Annonciation a été fermée en 1929 et utilisée comme dortoir pour étudiants. Plus tard, elle a abrité un entrepôt de combustible et une caisse d'épargne.

La restauration du temple a commencé à l'hiver 2004-2005, et à Noël 2006, la première Divine Liturgie y a été célébrée.

La chapelle restaurée en l'honneur du Sauveur Non-Fait-Main, située près de l'église de l'Annonciation, est devenue une dépendance du monastère.

Le 6 octobre 2008, l'archimandrite Paisiy Yatsko a été nommé supérieur. Depuis le 17 mai 2016, l'archimandrite Tikhon Zatyokin, qui est également le supérieur du monastère de l'Ascension de Pechersk à Nizhny Novgorod, a été nommé supérieur par intérim.