El monasterio fue fundado alrededor de 1555 en la orilla del lago y estuvo bajo la administración de los metropolitas de toda Rusia, y luego de los patriarcas. Con su aparición en la región de Arzamas, el cristianismo comenzó a difundirse más rápidamente. Inicialmente, las construcciones del monasterio eran de madera, pero con el tiempo fueron reemplazadas por edificaciones de piedra. El templo más antiguo de Arzamas es la catedral del monasterio en honor a la Transfiguración del Señor, que fue la primera en ser reconstruida en piedra y se ha conservado hasta nuestros días.

A principios del siglo XX, el monasterio contaba con tres templos y un campanario. Era un monasterio de comunidad de III clase, que contaba con una escuela espiritual y un asilo.

En 1927, el monasterio Spaso-Preobrazhensky fue cerrado, saqueado y gravemente dañado. Después de eso, en sus muros se instaló una fábrica de confección y luego una sucursal del Archivo Estatal de la Región de Nizhni Nóvgorod, que se encuentra allí hasta hoy.

El 20 de abril de 2005, el Santo Sínodo tomó la decisión de reanudar las actividades del monasterio. Se le fue entregada la iglesia en restauración en honor a la Anunciación de la Santísima Virgen María, que antes de la revolución era parroquial.

La parroquia de la Anunciación estaba situada cerca del monasterio Spas, no lejos de las murallas de la fortaleza. En 1775 y 1788, en el lugar de la iglesia de madera y de piedra, se construyó un nuevo templo, cuya arquitectura tomó parcialmente elementos de la catedral de la Asunción, recientemente construida en el desierto de Sarov.

La iglesia de la Anunciación fue cerrada en 1929 y se utilizó como residencia para estudiantes. Más tarde, albergó un almacén de combustible y una caja de ahorros.

La restauración del templo comenzó en el invierno de 2004-2005, y en Navidad de 2006 se celebró allí la primera Divina Liturgia.

La capilla restaurada en honor al Salvador No Hecho por Manos, situada junto a la iglesia de la Anunciación, se convirtió en una dependencia del monasterio.

El 6 de octubre de 2008, el ieromonje Paisiy Yatsko fue nombrado como abad. Desde el 17 de mayo de 2016, el archimandrita Tikhon Zatyeikin asumió el cargo de abad interino, quien también es el abad del monasterio de la Ascensión de Pechersk en Nizhni Nóvgorod.