Das Kloster wurde um 1555 am Ufer eines Sees gegründet und stand unter der Verwaltung der allrussischen Metropoliten und später der Patriarchen. Mit seinem Erscheinen im Arzamassky Gebiet verbreitete sich das Christentum schneller. Ursprünglich waren die Gebäude des Klosters aus Holz, wurden aber im Laufe der Zeit durch Steinbauten ersetzt. Die älteste Kirche in Arzamas gilt als die Klosterkathedrale zu Ehren der Verklärung des Herrn, die als erste in Stein umgebaut wurde und bis heute erhalten geblieben ist.

Zu Beginn des 20. Jahrhunderts gab es im Kloster drei Kirchen und einen Glockenturm. Es war ein gemeinschaftliches Kloster der III. Klasse, in dem eine geistliche Schule und ein Waisenhaus betrieben wurden.

1927 wurde das Spaso-Transfiguration Kloster geschlossen, geplündert und stark beschädigt. Danach wurde in seinen Mauern eine Nähfabrik untergebracht, und später ein Zweig des Staatsarchivs der Region Nischni Nowgorod, das dort bis heute ansässig ist.

Am 20. April 2005 beschloss der Heilige Synod, die Aktivitäten des Klosters wieder aufzunehmen. Der Gemeinschaft wurde die wiederhergestellte Kirche zu Ehren der Verkündigung der Heiligen Gottesmutter übergeben, die vor der Revolution eine Pfarrkirche war.

Die Verkündigungsgemeinde befand sich in der Nähe des Spassky Klosters, nicht weit von den Festungsmauern entfernt. In den Jahren 1775 und 1788 wurde an der Stelle der Holz- und Steinkirche ein neuer Tempel erbaut, dessen Architektur teilweise Elemente der neu erbauten Uspensky Kathedrale aus der Sarov-Wüste übernahm.

Die Verkündigungskirche wurde 1929 geschlossen und als Studentenwohnheim genutzt. Später diente sie als Lager für Brennstoffe und als Sparkasse.

Die Wiederherstellung des Tempels begann im Winter 2004-2005, und am Weihnachten 2006 fand dort die erste Göttliche Liturgie statt.

Die wiederhergestellte Kapelle zu Ehren des Ungefertigten Heilandes, die sich neben der Verkündigungskirche befindet, wurde zum Klosterhof.

Am 6. Oktober 2008 wurde der Hieromönch Paisiy Yatsko zum Abt ernannt. Seit dem 17. Mai 2016 ist der Archimandrit Tikhon Zatyokin kommissarischer Abt, der auch Abt des Auferstehungs-Pechersky Klosters in Nischni Nowgorod ist.