L'histoire du musée archéologique d'Anapa commence en 1909 avec l'ouverture de la Salle des antiquités dans la salle de cure de la ville. La base de l'exposition était une collection d'objets antiques, rassemblée par l'archéologue et professeur de l'université de Saint-Pétersbourg Nicolas Ivanovitch Vessélovski, qui a mené des fouilles dans le Kouban depuis 1895 et vivait à Anapa.

En 1908, Vessélovski a découvert un tombeau antique dans le village d'Anapa, qui a été démonté et transféré dans le jardin municipal sur la haute côte. Sous sa direction, le tombeau a été restauré et ouvert au public avec la Salle des antiquités.

Les collections de la Salle des antiquités ont été perdues lors des événements révolutionnaires de 1917-1920. Après la guerre civile, le musée d'Anapa a été ressuscité en mars 1932 grâce aux efforts de l'archéologue et historien local G.F. Tchaïkovski. D'après les descriptions de l'ethnographe L.I. Lavrov, qui a visité le musée en 1937, il possédait une vaste collection.

Pendant l'occupation fasciste de septembre 1942 à septembre 1943, le musée a été saccagé et sa collection complètement perdue. En septembre 1945, le musée a rouvert et a commencé à former de nouvelles collections.

À l'été 1954, lors de la construction du cinéma «Rodina» et des bains municipaux, un nécropole de Gorgippia a été découverte. Des fouilles de sauvegarde ont été menées par l'équipe de l'expédition de Sind jusqu'en 1956, et les premiers complexes archéologiques ont été intégrés à la collection du musée.

En 1958, A.I. Salov a étudié le site de la forteresse de Gorgippia. En 1961, l'expédition d'Anapa de l'Institut d'archéologie a été créée, dirigée jusqu'en 1973 par Irina Timofeïevna Kruglíkova, puis par Ekaterina Mikhaïlovna Alexeeva.

L'expédition a exploré plus de 16 000 m² de la forteresse de Gorgippia, plus de 700 sépultures du nécropole, ainsi que des demeures environnantes, des cimetières et des tumulus.

En 1975, l'expédition a découvert et étudié deux tombeaux des II-III siècles après J.-C. : le «Tombeau d'Hercule» peint et la tombe d'une famille noble avec un riche inventaire funéraire.

En 1977, la réserve archéologique «Gorgippia» a été créée à Anapa, et le musée a obtenu le statut de musée archéologique, devenant une partie du musée-réserve historique et archéologique d'État de Krasnodar. Les historiens locaux Andreï Ivanovitch Salov et Andreï Sergueïevitch Korytine ont joué un rôle important dans la création du musée-réserve.

La première directrice du musée a été Zoïa Nikolaïevna Lemiakina, qui travaille toujours au musée. En 1978, la première exposition sur Gorgippia a été ouverte, et les travaux de conservation et de restauration du monument ont commencé.

En 1999, une exposition commémorative «Retour au pays» a été ouverte, dédiée à E.Yu. Kouzmine, Karavaeva (Mère Marie). En 2008, une exposition permanente «La ville antique de Gorgippia» a été créée.

En 2009, le musée a célébré son centenaire. En 2013, une exposition «Anapa, ville de gloire militaire» a été ouverte au Département d'histoire locale. En 2018, le musée a célébré son 110e anniversaire.