Die Geschichte des Archäologischen Museums Anapa begann 1909 mit der Eröffnung des Raumes für Antiken im Kurhaus der Stadt. Die Grundlage der Ausstellung bildete die Sammlung antiker Gegenstände, die der Archäologe und Professor der Universität St. Petersburg Nikolai Ivanovich Vesselovsky zusammengetragen hatte, der seit 1895 Ausgrabungen im Kuban durchführte und in Anapa lebte.

Im Jahr 1908 entdeckte Vesselovsky ein antikes Grab in der Staniza Anapskaja, das demontiert und in den Stadtgarten am Hohen Ufer versetzt wurde. Unter seiner Leitung wurde das Grab wiederhergestellt und zusammen mit dem Raum für Antiken für Besucher geöffnet.

Die Sammlungen des Raumes für Antiken gingen während der revolutionären Ereignisse von 1917-1920 verloren. Nach dem Bürgerkrieg wurde das Museum in Anapa im März 1932 dank der Bemühungen des Archäologen und Heimatforschers G.F. Tschajkovski wiederbelebt. Aus den Beschreibungen des Ethnographen L.I. Lawrow, der das Museum 1937 besuchte, ist bekannt, dass es über eine umfangreiche Sammlung verfügte.

Während der faschistischen Besatzung von September 1942 bis September 1943 wurde das Museum verwüstet und seine Sammlung vollständig verloren. Im September 1945 wurde das Museum erneut eröffnet, und es begann die Bildung neuer Sammlungen.

Im Sommer 1954 wurde beim Bau des Kinos „Rodina“ und des Stadtbades ein Nekropolis von Gorgippia entdeckt. Rettungsgrabungen wurden bis 1956 von einer Gruppe der Sind-Expedition unter der Leitung von I.V. Pozdeeva durchgeführt, und die ersten archäologischen Komplexe kamen in die Sammlung des Museums.

1958 untersuchte A.I. Salov das Gebiet der Siedlung Gorgippia. 1961 wurde die Anapa-Expedition des Instituts für Archäologie gegründet, die bis 1973 von Irina Timofejewna Kruglikova und danach von Jekaterina Michailowna Alexeeva geleitet wurde.

Die Expedition untersuchte mehr als 16.000 m² der Siedlung Gorgippia, über 700 Bestattungen des Nekropolis sowie die umliegenden Anwesen, Gräber und Hügel.

1975 wurden von der Expedition zwei Gräber des 2.-3. Jahrhunderts n. Chr. entdeckt und untersucht: das bemalte „Grab des Herkules“ und das Grab einer vornehmen Familie mit reichem Bestattungsinventar.

1977 wurde in Anapa das archäologische Reservat „Gorgippia“ gegründet, und das Museum erhielt den Status eines archäologischen Museums und wurde Teil des Staatlichen Historisch-Archäologischen Museums-Reservats Krasnodar. Eine wichtige Rolle bei der Gründung des Museums-Reservats spielten die Heimatforscher Andrej Ivanovich Salov und Andrej Sergejewitsch Korytin.

Die erste Direktorin des Museums wurde Zoya Nikolaevna Lemjakina, die immer noch im Museum arbeitet. 1978 wurde die erste Ausstellung über Gorgippia eröffnet, und die Arbeiten zur Konservierung und Restaurierung des Denkmals begannen.

Im Jahr 1999 wurde die Gedenkausstellung „Rückkehr in die Heimat“ eröffnet, die E.Yu. Kuzmina, Karavaeva (Mutter Maria) gewidmet ist. 2008 wurde eine stationäre Ausstellung „Die antike Stadt Gorgippia“ eingerichtet.

Im Jahr 2009 feierte das Museum sein 100-jähriges Bestehen. 2013 wurde im Heimatkundemuseum die Ausstellung „Anapa, Stadt des militärischen Ruhms“ eröffnet. 2018 feierte das Museum sein 110-jähriges Jubiläum.