El monasterio fue fundado en 1529, aunque hay información que indica que esto ocurrió en 1505, por el venerable Genadio en el lugar de su celda, donde vivió con su maestro, el venerable Cornelio de Komelsk. El elemento central del monasterio era la majestuosa catedral de cinco cúpulas de la Transfiguración del Salvador, construida en 1647. En 1961 se intentó volarla, después de lo cual permaneció en estado de ruina hasta el siglo XXI, pero ahora ha sido restaurada en gran medida. En la década de 1960, se destruyó el huerto de manzanos y se cubrió el pozo del venerable Genadio, que ahora ha sido restaurado, y sobre él se construyó un templo de madera. Los intentos de destruir los edificios del monasterio continuaron hasta la década de 1980, y en 1988 se demolió el altar de la catedral con tractores.

En 1644, se encontraron las reliquias del venerable Genadio en el monasterio, que inicialmente se guardaron al aire libre y luego bajo tierra en la catedral de la Transfiguración del Salvador. A principios de la década de 1920, el monasterio fue cerrado, y los íconos, utensilios y reliquias del venerable Genadio fueron llevados a Yaroslavl.

A principios del siglo XX, había tres templos en el monasterio: la Transfiguración del Señor, la catedral con cinco altares en honor a la Transfiguración del Señor, San Sergio de Radonezh, el venerable Genadio, la Anunciación de la Santísima Virgen María y el venerable Cornelio de Komelsk. Según otros datos, había dos templos: el templo de invierno de la Transfiguración, construido en 1647, y el templo de verano en honor a San Alexis, hombre de Dios, de 1751. El monasterio poseía dos capillas, una de las cuales estaba dentro de sus muros y la otra en la orilla del río Kostroma y en la aldea de Beloglazovo, en el distrito de Lyubim. También el monasterio poseía dos casas en Yaroslavl y una en Lyubim.

El monasterio tenía una escuela, y cada año se celebraba una procesión el 19 de agosto. La comunidad poseía 65 desiatinas y 1757 varas cuadradas de tierra. En el monasterio había un edificio de piedra de dos pisos, una casa de madera para el superior y tres alas con celdas. En 1908, el monasterio recibía 711 rublos con 42 kopeks de mantenimiento estatal y tenía un capital en valores de 80778 rublos. El monasterio pertenecía a los monasterios de clase tres, es decir, financiados por el tesoro.

En 1996 se creó la comunidad del monasterio de Spaso-Genadio, y en 1997 el comité de protección de monumentos históricos y culturales de la región de Yaroslavl le transfirió el complejo monástico. Comenzó su restauración.