Das Kloster wurde 1529 gegründet, obwohl es Informationen gibt, dass dies 1505 geschah, von dem heiligen Gennadij an dem Ort seiner Zelle, wo er mit seinem Lehrer, dem heiligen Kornilij von Komel, lebte. Zentrales Element des Klosters war die majestätische fünfkuppelige Spaso-Transfiguration Kathedrale, die 1647 erbaut wurde. 1961 wurde ein Versuch unternommen, sie zu sprengen, nach dem sie bis zum 21. Jahrhundert in einem Ruinenzustand blieb, aber jetzt weitgehend restauriert ist. In den 1960er Jahren wurde der Apfelgarten zerstört und der Brunnen des heiligen Gennadij zugeschüttet, der jetzt wiederhergestellt ist, und über ihm wurde eine Holzkirche erbaut. Die Versuche, die Klostergebäude zu zerstören, dauerten bis in die 1980er Jahre, und 1988 wurde der Altar der Kathedrale mit Traktoren abgerissen.

Im Jahr 1644 wurden die Reliquien des heiligen Gennadij im Kloster gefunden, die zunächst offen aufbewahrt und dann im Spudo der Spaso-Transfiguration Kathedrale verborgen wurden. Zu Beginn der 1920er Jahre wurde das Kloster geschlossen, und Ikonen, Utensilien und die Reliquien des heiligen Gennadij wurden nach Jaroslawl gebracht.

Zu Beginn des 20. Jahrhunderts gab es im Kloster drei Kirchen: die Kirche der Verklärung des Herrn, die Kathedrale mit fünf Altären, zu Ehren der Verklärung des Herrn, des heiligen Sergius von Radonesch, des heiligen Gennadij, der Verkündigung der Heiligen Gottesmutter und des heiligen Kornilij von Komel. Nach anderen Angaben gab es zwei Kirchen: die Winterkirche der Verklärung, die 1647 erbaut wurde, und die Sommerkirche zu Ehren des heiligen Alexius, des Menschen Gottes, aus dem Jahr 1751. Dem Kloster gehörten zwei Kapellen, von denen eine innerhalb seiner Mauern und die andere am Ufer des Flusses Kostroma und im Dorf Beloglazovo im Bezirk Ljubim lag. Außerdem besaß das Kloster zwei Häuser in Jaroslawl und eines in Ljubim.

Im Kloster gab es eine Schule, und jährlich am 19. August fand eine Prozession statt. Der Abtei gehörten 65 Desjatinen und 1757 Quadrat-Sazhen Land. Im Kloster befand sich ein steinernes zweigeschossiges Gebäude, ein hölzernes Haus des Abtes und drei Flügel mit Zellen. Im Jahr 1908 erhielt das Kloster 711 Rubel und 42 Kopeken staatlicher Unterstützung und hatte ein Kapital in Wertpapieren von 80778 Rubel. Das Kloster gehörte zu den regulären Klöstern, das heißt, es wurde aus der Staatskasse finanziert und war ein Kloster der dritten Klasse.

Im Jahr 1996 wurde die Gemeinschaft des Spaso-Gennadiev Klosters gegründet, und 1997 übergab der Ausschuss für den Schutz von historischen und kulturellen Denkmälern der Region Jaroslawl den Klosterkomplex an sie. Die Restaurierung begann.