Uno de los edificios más destacados de Eupatoria es la majestuosa Catedral de San Nicolás, que se destaca por su tamaño y belleza arquitectónica, elevándose sobre la construcción urbana.

Este templo es, sin duda, la principal dominancia de la parte histórica de Eupatoria junto con la mezquita Djuma-Dzhami y la iglesia del profeta Elías, formando el perfil arquitectónico de la ciudad desde el mar. A finales del siglo XIX y principios del XX, la catedral parecía aún más grandiosa, ya que se encontraba entre edificios predominantemente de una planta. A su alrededor había solo dos edificios de dos plantas de tipo europeo del siglo XIX, y la construcción principal alrededor de la catedral comenzó a formarse después de su finalización, en gran parte gracias a ella.

Ya en 1774, en Gezlev, el antiguo nombre de Eupatoria, existía una pequeña iglesia de San Nicolás, construida por los griegos locales. En 1779, la ciudad evitó una epidemia de peste gracias a las estrictas medidas de cuarentena impuestas por el guarnición militar bajo el mando de A.V. Suvorov. Suvorov visitaba la iglesia de San Nicolás y cantaba en su coro. En 2004, se erigió un monumento a Suvorov cerca de la catedral.

En 1805 se construyó una nueva iglesia de San Nicolás, pero sufrió graves daños durante la Guerra de Crimea y se deterioró. A finales del siglo XIX, los rusos ortodoxos y los griegos constituían casi la mitad de la población de la ciudad, lo que provocó la necesidad de construir un nuevo templo.

El Ilustrísimo Inocencio, en su informe al Santo Sínodo, mencionó que en Crimea hay muchos musulmanes cuyos antepasados eran cristianos. En 1859, Alejandro II apoyó la apertura de una diócesis de la Iglesia Ortodoxa Rusa en la península.

La Catedral de San Nicolás fue inaugurada el 11 de julio de 1893 en memoria de la liberación de Eupatoria de las fuerzas anglo-franco-turcas. Su construcción comenzó bajo la dirección del obispo Martiniano y el sacerdote Fiódor Turóvski. El 16 de febrero de 1899, la catedral fue solemnemente consagrada por el obispo Nikon.

Esta catedral se considera un análogo de Santa Sofía en Constantinopla. Su enorme cúpula, atravesada por ventanas, y las cúpulas laterales le dan un parecido con el templo de la antigua Bizancio.

El arquitecto Alexander Iosifovich Bernardazzi diseñó la catedral para 2000 fieles, convirtiéndola en una parte importante del perfil arquitectónico de Eupatoria. La catedral, realizada según los cálculos de V.A. Gereneck, es un edificio octogonal con una cúpula de hormigón monolítico de 18 metros de diámetro. Esta innovación ingenieril de la época se distingue por su originalidad y audacia. Las cúpulas laterales sirven como contrafuertes, sosteniendo la cúpula principal, y el campanario cuadrado completa la composición.

Bernardazzi integró con éxito la catedral en el paisaje marino, convirtiéndola en el centro del perfil arquitectónico de Eupatoria.