En 1714, en el lugar de la abolida iglesia de madera de San Nicolás el Milagroso, se fundó una iglesia de piedra en honor a la Presentación de la Virgen María en el Templo. En 1743 fue consagrada, pero la gente continuó llamándola la iglesia de Nicolás.

La iglesia estaba situada justo detrás de las murallas del patio Sofía, en una colina, cerca del acceso de Nicolás, y con su volumen cerraba el cabo de la Trinidad. La construcción comenzó antes del decreto de Pedro I de 1714, que prohibía la construcción de piedra en Rusia, excepto en San Petersburgo. Los trabajos se reanudaron solo en 1724, y en 1743 la iglesia fue construida y consagrada. Su arquitectura reflejaba las características del estilo antiguo ruso del siglo XVII, incluyendo un campanario en forma de tienda.

La iglesia fue reconstruida varias veces, y la reconstrucción final se completó en 1774. Tenía cinco altares: en honor a la Presentación de la Virgen María en el Templo, la Entrada del Señor en Jerusalén, San Demetrio de Salónica, San Jorge el Victorioso y San Nicolás el Milagroso. A finales del siglo XIX, el clero estaba compuesto por un sacerdote y un salmista, y la parroquia incluía 13 aldeas.

A principios de la década de 1890, debido a la escasez y pobreza de los feligreses, la iglesia llegó a un estado de extrema ruina, y los servicios religiosos se realizaban raramente, ya que el lado sur del edificio se había separado y amenazaba con caer.

El Ilustrísimo Justino (Poliánski) estableció un comité para la restauración de la iglesia, encargando la recolección de donaciones y la realización de trabajos al archipreste de Tobolsk, el protoiereo Alexander Grammatín. En 1891, la iglesia fue restaurada a un estado decente, aunque no lujoso.

Después de la revolución, hasta principios de la década de 1920, continuaron los servicios religiosos en la iglesia, pero luego fue convertida en un garaje de la prisión del UGB del NKVD. En 1930, las autoridades de la ciudad cerraron la iglesia, llevándola a un estado de emergencia, y en la década de 1950 fue completamente destruida.