Verkhoturye se convirtió en el centro del ortodoxismo en los Urales y Siberia gracias al Monasterio de San Nicolás, que fue el primer monasterio ortodoxo fuera de la parte europea de Rusia. Aunque la Catedral de la Trinidad era contemporánea de la ciudad, el monasterio fue fundado un poco más tarde, en 1604. Esto ocurrió después de que el ieromonje Ion de Poshekhonye se dirigiera a Boris Godunov con la solicitud de crear una comunidad monástica en la nueva ciudad. Moscú dio permiso, pero debido a la falta de fondos, la construcción se retrasó, y Ion tuvo que ir personalmente al zar en busca de apoyo. Al final, se construyó una pequeña iglesia de madera, consagrada en honor al santo Nicolás de Mira, y varias celdas. El monasterio llevó una vida de oración tranquila, pero casi no se sabe nada de su primer siglo debido a los incendios que destruyeron los archivos. Se puede suponer que la comunidad se desarrolló junto con la ciudad, para la cual el siglo XVII se convirtió en "el dorado". Un evento importante en la historia del monasterio ocurrió cien años después de su fundación.

A principios del siglo XVIII, el monasterio encontró a su santo patrón, que vivió en el mundo, pero después de su muerte se convirtió en el intercesor celestial de los Urales. Las reliquias del justo Simeón de Verkhoturye fueron trasladadas al monasterio desde Merkushino en 1704 y se convirtieron en su principal santuario, atrayendo a numerosos peregrinos. En 1716 y 1762, el monasterio sufrió incendios, pero el relicario con las reliquias de Simeón permaneció intacto. A principios del siglo XX, el número de peregrinos aumentó tanto que la pequeña catedral no podía albergar a todos. Después de la celebración del 300 aniversario del monasterio y el 200 aniversario de la transferencia de las reliquias en 1905, se inició la construcción de una enorme catedral de la Exaltación de la Cruz, que se convirtió en la tercera más grande de Rusia. La consagración de la catedral tuvo lugar en 1913, y las reliquias de Simeón fueron trasladadas allí. Sin embargo, pronto comenzó la revolución, y con la llegada del poder soviético, el monasterio fue ocupado por los soldados rojos, y los monjes fueron enviados a cavar trincheras.

Los tiempos difíciles dieron lugar a muchos nuevos mártires, incluidos los ieromonjes Iakinf, Kalísto y Apolinar, que fueron fusilados y canonizados en la década de 1990. En 1925, el monasterio fue cerrado y convertido en una colonia para menores. Las reliquias de Simeón fueron entregadas en 1929 al Museo de Trabajo Antirreligioso de Tagil, donde se convirtieron en objeto de propaganda atea, pero la gente continuó orando ante ellas. En 1935, las reliquias fueron transferidas al Museo Antirreligioso de los Urales. Después de la disolución de los fondos del museo en 1946, las reliquias fueron entregadas al Museo Regional de Historia Local. Solo en 1989 fueron devueltas a la Iglesia Ortodoxa Rusa y colocadas en la iglesia del Salvador Misericordioso, y en 1992 fueron trasladadas a la restaurada catedral de la Exaltación de la Cruz en Verkhoturye.

Hoy en día, el monasterio está completamente restaurado, y el número de peregrinos sigue creciendo, devolviendo a Verkhoturye el estatus de centro espiritual de los Urales. La catedral de Nicolás fue desmantelada en 1936, y con el renacimiento de la vida monástica surgió la cuestión de su restauración. Se decidió construir una pequeña iglesia de Nicolás con elementos de la arquitectura de la antigua catedral. Esta iglesia, consagrada en 2004, se convirtió en una joya del monasterio.

La catedral de la Exaltación de la Cruz, construida en estilo neobizantino, impresiona por su tamaño, pero en su interior crea una sensación de ligereza y luminosidad. Se ha convertido en la dominante arquitectónica del monasterio. Bajo su sombra reposan las reliquias del justo Simeón de Verkhoturye, y cerca hay un libro en el que los peregrinos anotan sus historias sobre la ayuda del santo, especialmente muchos nombres de niños nacidos por las oraciones de Simeón.