Se ha conservado la descripción de la colocación del templo: el 16 de agosto de 1821, después de la misa matutina, el igumen Daniel llegó al lugar de la colocación, hizo tres reverencias hacia el este y pronunció: «Que haya en este lugar la bendición de la santa desierto Jordano y de todos los que allí guardan silencio». Después de estas palabras, el igumen tomó una pala y comenzó a cavar la trinchera para los cimientos de la iglesia. El 18 de agosto, después de la misa, se realizó una pequeña procesión sin campanas desde el monasterio hasta el skit. Después de la oración con la bendición del agua, se colocó la iglesia en honor de la Asamblea del gran y glorioso Profeta, Precursor y Bautista de Cristo, Juan. En la base de la iglesia, bajo el altar, se colocó una parte de las reliquias del santo, y el día terminó en alegría espiritual.

El templo era de madera, construido con madera talada en el lugar de limpieza del territorio del skit. Se completó la construcción en seis meses, y el templo fue provisto de los utensilios necesarios. La consagración fue realizada por el abad del monasterio, el igumen Daniel, el 5 de febrero de 1822, con una procesión desde el monasterio.

Por bendición del santo Filareto, el templo fue establecido como «iglesia de casa para las visitas de los arzobispos». En la parte occidental del templo se organizó una celda, donde el santo se alojaba durante sus visitas al skit.

En 1863, el nuevo skitоначальник, el venerable anciano Ilarión, comenzó a llevar a cabo un plan para elevar el templo de Juan Bautista y reemplazar dos vigas inferiores en descomposición. Muchos hijos espirituales del anciano Macario, fallecido en 1860, quisieron honrar su memoria, organizando en el templo un altar en honor de su ángel, el venerable Macario el Grande. Sin embargo, esto era imposible en la parte occidental del templo debido a la estrechez. En 1864, el templo fue reconstruido: se desmanteló la parte occidental y se reemplazó por una adición más espaciosa. Todo el edificio se elevó 0,9 m, colocando una nueva base de ladrillo con sótanos. El techo en la parte occidental se elevó al nivel del templo principal. La nueva adición se volvió 2,8 m más larga y ancha que la anterior. En ella se organizó un altar en honor del venerable Macario el Grande, cuyo altar se encontraba en la parte sureste. En el altar central se instaló un nuevo altar y un sacrificio. La consagración del altar principal fue realizada por el abad del monasterio, el venerable Isaakio, el 29 de agosto de 1864, y el altar de Macario fue consagrado por el obispo de Kaluga, Grigori, el 7 de septiembre de 1864.

La revolución interrumpió la vida de oración del skit. En febrero de 1918, un grupo de soldados rojos llegó al skit en busca de oro y plata, pero no encontró nada. Sin embargo, durante la inspección, se profanaron los vasos sagrados. El 19 de enero de 1918, el santo Tikhon excomulgó a aquellos que levantaron la mano contra las sagradas reliquias de la iglesia. Al día siguiente del incidente, se celebró una oración y se bendijeron las reliquias y el templo. Pronto, el monasterio se convirtió en una cooperativa agrícola, y en el skit se fundó un museo. El templo de Juan Bautista fue cerrado durante muchos años.

En 1988, la vida monástica se reanudó en Optina Pustyn. El 18 de marzo de 1990, en la Semana de la Cruz, el metropolitano de Rostov y Novocherkassk, Vladimir, consagró el templo de Juan Bautista. En 2002, las paredes del templo fueron pintadas. Los servicios en el templo se llevan a cabo según un estatuto especial del skit, con servicios nocturnos.