Es gibt eine Beschreibung der Grundsteinlegung des Tempels: Am 16. August 1821, nach dem frühen Mittagessen, kam der Abt Daniel an den Ort der Grundsteinlegung, machte drei Erdkniellungen nach Osten und sprach: „Möge an diesem Ort der Segen der heiligen Wüste Jordan und aller dort schweigenden sein.“ Nach diesen Worten nahm der Abt eine Schaufel und begann, einen Graben für das Fundament der Kirche zu graben. Am 18. August, nach dem Mittagessen, fand ein kleiner Kreuzgang ohne Glockenläuten von der Abtei zum Skit statt. Nach dem Gebet mit der Weihe des Wassers wurde die Kirche zu Ehren des Konzils des großen und ruhmreichen Propheten, Vorläufers und Täufers Christi Johannes geweiht. Im Fundament der Kirche unter dem Altar wurden Teile der Reliquien des Heiligen gelegt, und der Tag endete in geistlicher Freude.

Die Kirche war aus Holz, gebaut aus dem Holz, das auf dem Gelände des Skits gefällt wurde. Nach sechs Monaten war der Bau abgeschlossen, und die Kirche war mit dem notwendigen Gerät ausgestattet. Die Weihe führte der Abt des Klosters, Abt Daniel, am 5. Februar 1822 mit einem Kreuzgang aus der Abtei durch.

Auf die Segnung des Heiligen Filaret wurde die Kirche als „Hauskirche für die Besuche der Bischöfe“ eingerichtet. Im westlichen Teil der Kirche wurde eine Zelle eingerichtet, in der der Heilige während seiner Besuche im Skit verweilte.

Im Jahr 1863 begann der neue Skitvorsteher, der ehrwürdige Alter Iljaron, mit der Umsetzung des Plans zur Erhöhung des Vorläufer-Tempels und zum Austausch von zwei unteren, verrotteten Balken. Viele geistliche Kinder des 1860 verstorbenen Alten Makarius wollten sein Andenken ehren, indem sie im Tempel einen Altar zu Ehren seines Engels, des ehrwürdigen Makarius des Großen, einrichteten. Dies war jedoch im westlichen Teil der Kirche aufgrund der Enge nicht möglich. Im Jahr 1864 wurde die Kirche umgebaut: Der westliche Teil wurde abgerissen und durch einen geräumigeren Anbau ersetzt. Das gesamte Gebäude wurde um 0,9 m erhöht, indem ein neues Ziegelfundament mit Kellern gelegt wurde. Die Decke im westlichen Teil wurde auf das Niveau der Hauptkirche angehoben. Der neue Anbau wurde 2,8 m länger und breiter als der vorherige. Dort wurde ein Altar zu Ehren des ehrwürdigen Makarius des Großen eingerichtet, dessen Altar sich im südöstlichen Teil befand. Im zentralen Altar wurde ein neuer Altar und ein Opferaltar installiert. Die Weihe des Hauptaltars wurde vom Abt des Klosters, ehrwürdiger Isaak, am 29. August 1864 durchgeführt, und der Makarius-Altar wurde am 7. September 1864 von Bischof Grigori von Kaluga geweiht.

Die Revolution störte das Gebetsleben des Skits. Im Februar 1918 kam eine Gruppe von Rotarmisten in den Skit auf der Suche nach Gold und Silber, fand jedoch nichts. Bei der Durchsuchung wurden jedoch die heiligen Gefäße entweiht. Am 19. Januar 1918 verfluchte der Heilige Tichon diejenigen, die die Hand gegen die heiligen Dinge der Kirche erhoben. Am Tag nach dem Vorfall wurde ein Gebet gehalten und die heiligen Dinge und die Kirche geweiht. Bald wurde das Kloster zu einer landwirtschaftlichen Genossenschaft, und im Skit wurde ein Museum gegründet. Der Tempel des Johannes des Täufers wurde für viele Jahre geschlossen.

Im Jahr 1988 wurde das klösterliche Leben in Optina Pustyn wiederbelebt. Am 18. März 1990, am Sonntag des Kreuzes, weihte der Metropolit von Rostow und Nowotscherkassk, Wladimir, die Johannes-Vorläufer-Kirche. Im Jahr 2002 wurden die Wände der Kirche bemalt. Die Gottesdienste in der Kirche finden nach einer besonderen Skitregel mit nächtlichen Gottesdiensten statt.