En la localidad conocida como "Poteriaja", en 1718, con los fondos del noble Petr Medvedev, se fundó una iglesia de madera dedicada a la Santísima Trinidad, con un altar en honor a los Santos Apóstoles Pedro y Pablo. La colocación de la iglesia se realizó con la bendición del metropolitano siberiano Fiódor Lechinski. El 16 de enero de 1721, se consagró el altar lateral en honor a los apóstoles Pedro y Pablo en la iglesia de la Trinidad, lo que fue realizado por el constructor del monasterio de la Ascensión de Irkutsk, el metropolitano Cornelio. En las crónicas irkutskas se menciona que ese año hubo una inundación en el río Angará, y el agua cerca de la iglesia de la Trinidad subió aproximadamente un arshin y medio. Durante la procesión alrededor de la iglesia, el hielo en el lado norte se rompió.

Ese mismo año, el 24 de junio, el archimandrita de Pekín, Antonio Platkovski, que llegó a Irkutsk en marzo, consagró el altar principal del templo en nombre de la Santísima Trinidad Vivificante. Más tarde, en abril de 1858, el comerciante irkutskano Yakov Stepanovich Maikov, quien había sido el anciano de la iglesia de la Trinidad durante más de veinte años, plantó muchos árboles alrededor del templo, incluyendo pinos, abetos, píceas y cedros. Este bosque protegió la iglesia de un incendio en 1879.

Desde 1754 comenzó la construcción de la iglesia de piedra de la Trinidad en estilo barroco siberiano, con una solución volumétrica original y una fachada decorativa. Incluso antes de finalizar la construcción, el 5 de mayo de 1763, se consagró un altar cálido en honor al Nacimiento de la Madre de Dios. Ese mismo año ocurrió una tragedia: el 19 de julio, en Irkutsk, el arco de la iglesia de piedra en construcción se derrumbó, lo que resultó en la muerte de tres personas. Este accidente retrasó la finalización de la construcción. En 1775 se consagró el altar principal en nombre de la Santísima Trinidad Vivificante, y en 1778, el altar de los Santos Apóstoles Pedro y Pablo. En diciembre de 1785, se levantó una campana de 204 puds en el campanario de la iglesia de la Trinidad.

Entre 1845 y 1847, muchas iglesias irkutskanas, especialmente las antiguas, fueron sometidas a reparaciones. La iglesia de la Trinidad no fue una excepción, su reparación se llevó a cabo en 1846. Junto a la iglesia de la Trinidad, el 16 de enero de 1866, se abrió una escuela primaria parroquial, ubicada en la casa del ciudadano irkutskano S.I. Levin, quien proporcionó el local de forma gratuita. Al año siguiente, la escuela se trasladó a la casa del comerciante irkutskano Iván Nikoláevich Jajilev. Durante la inundación del 4 de enero de 1870, la escuela fue inundada hasta el techo, y las clases se suspendieron temporalmente. Sin embargo, ya el 21 de noviembre de 1870, la escuela parroquial reabrió en un edificio especial de 3×4 sazhenes. Inicialmente, asistieron tres niños y diez niñas.