In der Gegend, die als „Poterjaicha“ bekannt ist, wurde 1718 mit Mitteln des Adligen Peter Medwedew eine hölzerne Kirche, die der Heiligen Dreifaltigkeit gewidmet ist, mit einer Kapelle zu Ehren der Heiligen Apostel Peter und Paul, errichtet. Der Bau der Kirche erfolgte mit der Segnung des sibirischen Metropoliten Feodor Leschtschinski. Am 16. Januar 1721 wurde in der Dreifaltigkeitskirche der Altar zu Ehren der Apostel Peter und Paul geweiht, was der Baumeister des Irkutsker Auferstehungsklosters, Metropolit Kornilius, tat. In den irkutsker Chroniken wird erwähnt, dass in diesem Jahr eine Überschwemmung am Fluss Angara stattfand und das Wasser bei der Dreifaltigkeitskirche um etwa anderthalb Arschin anstieg. Während des Kreuzgangs um die Kirche brach das Eis auf der Nordseite.

Im selben Jahr 1721, am 24. Juni, weihte der Pekingische Archimandrit Antonij Platkovski, der im März in Irkutsk angekommen war, den Hauptaltar des Tempels im Namen der Heiligen Lebendigen Dreifaltigkeit. Später, im April 1858, pflanzte der irkutsker Kaufmann Jakov Stepanowitsch Maikow, der über zwanzig Jahre als Vorsteher der Dreifaltigkeitskirche diente, viele Bäume um die Kirche, darunter Kiefern, Fichten, Tannen und Zedern. Diese Allee schützte die Kirche vor einem Brand im Jahr 1879.

Ab 1754 begann der Bau der steinernen Dreifaltigkeitskirche im Stil des sibirischen Barocks, mit einer originellen volumetrischen Lösung und einem prächtigen Fassaden. Noch vor der Fertigstellung des Bauwerks wurde am 5. Mai 1763 die warme Kapelle zu Ehren der Geburt der Gottesmutter geweiht. In diesem Jahr ereignete sich eine Tragödie: Am 19. Juli stürzte das Gewölbe der im Bau befindlichen steinernen Dreifaltigkeitskirche in Irkutsk ein, was zum Tod von drei Menschen führte. Dieser Unfall verzögerte den Abschluss des Bauprojekts. Im Jahr 1775 wurde der Hauptaltar im Namen der Heiligen Lebendigen Dreifaltigkeit geweiht, und im Jahr 1778 der Altar der Heiligen Apostel Peter und Paul. Im Dezember 1785 wurde eine Glocke mit einem Gewicht von 204 Pud in den Glockenturm der Dreifaltigkeitskirche gehoben.

Von 1845 bis 1847 wurden viele irkutsker Kirchen, insbesondere die alten, renoviert. Die Dreifaltigkeitskirche bildete da keine Ausnahme, ihre Renovierung fand 1846 statt. An der Dreifaltigkeitskirche wurde am 16. Januar 1866 eine Gemeindeschule eröffnet, die im Haus des irkutsker Bürgers S.I. Lewin untergebracht war, der kostenlos Räumlichkeiten zur Verfügung stellte. Im folgenden Jahr zog die Schule in das Haus des irkutsker Kaufmanns Ivan Nikolajewitsch Chakhilev um. Während der Überschwemmung am 4. Januar 1870 wurde die Schule bis zur Decke überflutet, und der Unterricht wurde vorübergehend eingestellt. Doch bereits am 21. November 1870 wurde die Gemeindeschule in einem speziellen Gebäude mit den Maßen 3×4 Sazhen wieder eröffnet. Zunächst wurden dort drei Jungen und zehn Mädchen unterrichtet.