El pueblo de Cherkizovo, situado en el camino de Moscú a Tver, recibió su nombre en honor al príncipe Serkiz de la Horda de Oro. El gran príncipe Dmitri Donskói le otorgó estas tierras en el siglo XIV. Más tarde, como resultado de las luchas internas, los descendientes de los Cherkizov perdieron su nobleza, y sus dominios, incluido Cherkizovo, se convirtieron en aldeas palaciegas.

La primera mención de la iglesia de la Natividad de Cristo en Cherkizovo data de los años 1580, cuando la viuda del hijo de Iván el Terrible, que se convirtió en monja, devolvió el dominio a la propiedad del Departamento del Gran Palacio. Para los años 1680, la iglesia era una estructura de madera con un techo a dos aguas, rodeada de un pórtico y una campanario independiente.

En 1689, el pueblo pasó a ser propiedad de Lev Kirilovich Naryshkin, hermano de la zarina Natalia Kirilovna. A principios del siglo XVIII, sus hijos Alexander e Ivan Lvovich poseían el pueblo, y luego pasó a Ekaterina Ivanovna, esposa de K.G. Razumovsky. En 1738, ella solicitó la construcción de una nueva iglesia de madera en reemplazo de la antigua. Después de 30 años, comenzó la construcción de un templo de piedra, que fue consagrado en 1790. La antigua iglesia fue desmantelada.

El diseño del templo, probablemente, pertenece al arquitecto de la escuela cosaca. Originalmente, era un "octágono sobre un cuadrado" con ábside y comedor. Las fachadas están realizadas en el estilo del temprano clasicismo. A finales del siglo XVIII y principios del XIX, Lev Kirilovich Razumovsky participó activamente en la ornamentación del templo. Durante la guerra de 1812, la iglesia fue saqueada en varias ocasiones por los franceses.

En la década de 1820, el dominio pertenecía a la condesa E.A. Uvarova. En ese momento, la parroquia contaba con 208 casas y más de 1700 personas. En los años 1855-1860, en el comedor aparecieron capillas de la Madre de Dios de Kazán y de San Nicolás. Desde la segunda mitad del siglo XIX, Cherkizovo fue propiedad del conde A.S. Uvarov y su esposa P.S. Uvarova. En 1913, se realizaron reparaciones en el templo.

Después de la revolución, a pesar de la confiscación de bienes, los servicios continuaron. El último sacerdote fue arrestado y fusilado en 1938, y en 1940 la iglesia fue cerrada. Durante la guerra, el edificio se utilizó como molino, almacén y club. En 1991, se formó nuevamente una comunidad ortodoxa aquí, y desde 1993 se reanudaron los servicios.

En 1998, se desarrolló un proyecto de restauración que preveía la recuperación de las partes perdidas del templo. En 2004-2005, se recrearon los volúmenes perdidos, se reforzaron los cimientos y las estructuras portantes, y se restauraron los elementos decorativos de las fachadas y los interiores.