En los siglos XVI y XVII, en la orilla del río Sheksna, se encontraba el pueblo de Rojdestvenskoe. Aquí, cerca del cruce, se construyó una iglesia de madera dedicada a San Nicolás con una capilla de la Santísima Trinidad. Con el tiempo, la iglesia se deterioró y fue desmantelada. En este lugar comenzó la construcción de una iglesia de piedra, financiada por los feligreses y el terrateniente local Nikolai Diomidovich Panfilov. En 1789, la iglesia fue consagrada en honor a la Natividad de Cristo.

La iglesia, de un blanco inmaculado, con una cúpula, un comedor y un campanario con aguja, fue realizada en estilo clásico y recordaba a un barco en la orilla del Sheksna. Alrededor de la iglesia había un gran cementerio. Desde el siglo XVIII, por orden de Catalina II, aquí se enterraba a los habitantes de Cherepovets. Después de la revolución, las tierras de la iglesia fueron nacionalizadas, y en 1919 se confiscó la propiedad de metales preciosos. En 1930 comenzaron las discusiones sobre el cierre de iglesias, especialmente en Rojdestvenskoe. El 14 de abril de 1931, la iglesia fue cerrada, se desmanteló la cerca y dos niveles del campanario, se retiró la decoración de las fachadas y se confiscó las cruces de hierro del cementerio para la industrialización. En la época soviética, el edificio se utilizó como comedor, club, autoescuela, garaje, base de comercio de madera y almacén. En 1989, la iglesia sufrió un incendio, y a principios de la década de 1990 se convirtió en una ruina carbonizada.

El proyecto de restauración de la iglesia se basó en materiales históricos y archivos, así como en fotografías proporcionadas por el museo de Cherepovets. Se recaudaron fondos para la restauración de todo el mundo, y los trabajos comenzaron en 1992. Bajo el altar, en la cripta, se instaló un segundo altar de la Asunción de la Santísima Virgen María con un gran baptisterio de mármol. Las cúpulas se cubrieron con cobre rojo, adquirido con fondos de la alcaldía. El 22 de septiembre de 1995 se instaló la cúpula del campanario, y el 22 de julio de 1996 se levantaron las cruces. La campana más grande para la iglesia fue fundida en 1995 en Voronezh. El iconostasio de la iglesia fue realizado por maestros del Monasterio de la Trinidad y San Sergio según un esquema clásico. La consagración de la iglesia tuvo lugar el 18 de julio de 1997.