Im 16. und 17. Jahrhundert befand sich am Ufer des Flusses Sheksna das Dorf Rojdestvenskoje. Hier, in der Nähe der Fähre, wurde eine hölzerne Kirche des heiligen Nikolaus mit einer Kapelle der Heiligen Dreifaltigkeit erbaut. Im Laufe der Zeit wurde die Kirche baufällig und wurde abgerissen. An dieser Stelle begann der Bau einer Steinkirche, finanziert von den Gemeindemitgliedern und dem örtlichen Grundbesitzer Nikolai Diomidowitsch Panfilow. Im Jahr 1789 wurde die Kirche zu Ehren der Geburt Christi geweiht.

Die schneeweiße Kirche mit einer Kuppel, einem Speisesaal und einem Glockenturm mit Spitzdach wurde im klassischen Stil erbaut und erinnerte an ein Schiff am Ufer der Sheksna. Rund um die Kirche befand sich ein großer Friedhof. Seit dem 18. Jahrhundert wurden hier auf Erlass von Katharina II. die Bewohner von Tscherepowez beigesetzt. Nach der Revolution wurden die Kirchengüter verstaatlicht, und im Jahr 1919 wurde das Eigentum aus Edelmetallen beschlagnahmt. Im Jahr 1930 begannen die Diskussionen über die Schließung von Kirchen, insbesondere in Rojdestvenskoje. Am 14. April 1931 wurde die Kirche geschlossen, die Umzäunung und zwei Etagen des Glockenturms wurden abgerissen, die Dekorationen von den Fassaden entfernt und die gusseisernen Kreuze vom Friedhof zur Industrialisierung beschlagnahmt. In der Sowjetzeit wurde das Gebäude als Kantine, Klub, Fahrschule, Garage, Holzhandelsbasis und Lager genutzt. Im Jahr 1989 brach in der Kirche ein Feuer aus, und zu Beginn der 1990er Jahre verwandelte sie sich in eine verkohlte Ruine.

Das Projekt zur Wiederherstellung der Kirche basierte auf historischen Archivmaterialien und Fotografien, die vom Tscherepowezer Museum bereitgestellt wurden. Die Mittel für die Wiederherstellung wurden weltweit gesammelt, und die Arbeiten begannen im Jahr 1992. Unter dem Altar wurde in der Krypta ein zweiter Altar der Himmelfahrt der Heiligen Gottesmutter mit einem großen marmornen Taufbecken eingerichtet. Die Kuppeln wurden mit rotem Kupfer bedeckt, das mit Mitteln der Stadtverwaltung erworben wurde. Am 22. September 1995 wurde die Kuppel des Glockenturms installiert, und am 22. Juli 1996 wurden die Kreuze aufgerichtet. Die größte Glocke für die Kirche wurde 1995 in Woronesch gegossen. Der Ikonostase der Kirche wurde von Meistern des Dreifaltigkeits-Sergius-Klosters nach klassischem Schema gefertigt. Die Weihe der Kirche fand am 18. Juli 1997 statt.