La iglesia de San Juan Bautista con la capilla del venerable Cirilo de Belozersk fue construida y consagrada al mismo tiempo que el templo del Arcángel Gabriel entre 1531 y 1534. Se encontraba fuera de los muros del monasterio en una colina, cerca de la capilla construida por el venerable Cirilo de Belozersk. Más tarde, alrededor del templo se levantó un bajo muro de piedra, y este lugar comenzó a llamarse Monasterio Pequeño Ivanovsky, y la colina misma, Colina Ivanovskaya.

Según el inventario de 1601, la iglesia tenía "dos cúpulas" y un campanario "sobre seis pilares". En el inventario de 1668 se describe la cobertura de la iglesia y las cúpulas: "Las cruces y cúpulas estaban cubiertas de pizarra con hierro blanco". También se mencionan los pórticos de madera que se adosan a las fachadas occidental y meridional. En un ícono de 1741 de la colección del museo-reserva Kirillo-Belozersky, la iglesia se representa con dos cúpulas y un techo a cuatro aguas cubierto de pizarra. El inventario de 1773 señala los pórticos de madera en las puertas del sur y del norte, y en las puertas del oeste, un pórtico de piedra sin bóveda, revestido de pizarra. También se mencionan contrafuertes en las esquinas sureste y suroeste del edificio, "dos cúpulas escamosas y en las cúpulas cruces de madera revestidas de hojalata". En este mismo inventario se habla del estado ruinoso del monumento: "los techos de pizarra están viejos", los contrafuertes "se han separado de las paredes", en las paredes "hay grietas desde las bóvedas hasta los cimientos, y en la pared del medio hay grandes grietas desde los cimientos hasta la bóveda". En la iglesia y el altar había "once ventanas con marcos de mica en hierro blanco viejos", lo que indica que para este momento los vanos de las ventanas en los íconos de las paredes occidental y meridional ya habían sido abiertos.

Ambos templos, el de Gabriel y el de San Juan Bautista, fueron creados por un mismo arquitecto. Su buen conocimiento de las corrientes arquitectónicas contemporáneas indica que no era local y, probablemente, provenía de un gran centro artístico, posiblemente de Rostov el Grande, ya que el monasterio en ese momento estaba subordinado a la Diócesis de Rostov.

La iglesia de San Juan Bautista no escapó al destino común. La cobertura de los arcos fue destruida, el pequeño tambor está roto. En las paredes sur y oeste, en el lugar de los íconos con pintura, se abrieron nuevas grandes ventanas. Las paredes del templo, que antes estaban blanqueadas, fueron pintadas de rojo.

Los trabajos de restauración en el monumento prácticamente no se llevaron a cabo. Las investigaciones permitieron a S.S. Pod'yapol'ski crear una reconstrucción gráfica de la iglesia, que se refiere principalmente a su remate perdido. Se realizó el blanqueo del interior, se llevaron a cabo los trabajos mínimamente necesarios para la museificación del monumento, y se devolvió al lugar la cruz de la cúpula que había caído en 1978.