Die Kirche des Heiligen Johannes des Täufers mit der Kapelle des heiligen Kyrill von Belozersk wurde gleichzeitig mit der Kirche des Erzengels Gabriel in der Zeit von 1531 bis 1534 erbaut und geweiht. Sie befand sich außerhalb der Klostermauern auf einem Hügel, neben der Kapelle, die von dem heiligen Kyrill von Belozersk errichtet wurde. Später wurde um die Kirche eine niedrige Steinmauer errichtet, und dieser Ort wurde als Kleines Iwanowski-Kloster bezeichnet, während der Hügel selbst den Namen Iwanowskaja Gorka erhielt.

Laut dem Verzeichnis von 1601 hatte die Kirche "zwei Türme" und einen Glockenturm "auf sechs Säulen". Im Verzeichnis von 1668 wird die Bedeckung der Kirche und der Türme beschrieben: "Kreuze und Türme mit Schindeln aus weißem Eisen bedeckt". Es werden auch hölzerne Vorhallen erwähnt, die an die westlichen und südlichen Fassaden angrenzen. Auf einem Ikone von 1741 aus der Sammlung des Kirillo-Belozerski-Museums wird die Kirche mit zwei Türmen und einem vierseitigen Dach, das mit Schindeln bedeckt ist, dargestellt. Das Verzeichnis von 1773 vermerkt hölzerne Treppen an den südlichen und nördlichen Türen sowie an den westlichen Türen eine steinerne Treppe ohne Gewölbe, verkleidet mit Schindeln. Auch die Strebepfeiler an den südöstlichen und südwestlichen Ecken des Gebäudes werden erwähnt, "zwei schindelgedeckte Türme und auf den Türmen hölzerne Kreuze mit Zink ummantelt". In demselben Verzeichnis wird der marode Zustand des Denkmals beschrieben: "Die Schindeldächer sind marode", die Strebepfeiler "haben sich von den Wänden zurückgezogen", in den Wänden "sind Risse von den Gewölben bis zum Fundament, und an der halben Wand sind große Risse von unten bis zur Decke". In der Kirche und im Altar gab es "elf Fenster, in denen die Fensterrahmen aus Schiefer in weißem Eisen marode waren", was darauf hinweist, dass zu diesem Zeitpunkt die Fensteröffnungen in den Ikonen der westlichen und südlichen Wand bereits durchbrochen waren.

Beide Kirchen, die des Gabriel und die des Johannes des Täufers, wurden von demselben Architekten geschaffen. Sein gutes Wissen über zeitgenössische architektonische Strömungen deutet darauf hin, dass er nicht lokal war und wahrscheinlich aus einem großen Kunstzentrum stammte, möglicherweise aus Rostow dem Großen, da das Kloster zu dieser Zeit der Rostower Diözese unterstand.

Die Kirche des Heiligen Johannes des Täufers blieb nicht von dem allgemeinen Schicksal verschont. Die Bedeckung über den Giebeln wurde zerstört, der kleine Tambour ist zerbrochen. In den südlichen und westlichen Wänden wurden anstelle der Ikonen mit Malerei neue große Fenster durchbrochen. Die Wände der Kirche, die zuvor weiß gekalkt waren, wurden rot gestrichen.

Restaurierungsarbeiten an dem Denkmal wurden praktisch nicht durchgeführt. Forschungen ermöglichten es S.S. Podjapolskij, eine grafische Rekonstruktion der Kirche zu erstellen, die sich in erster Linie auf ihren verlorenen Abschluss bezieht. Es wurde eine Innenraumkalkung durchgeführt, die minimal notwendigen Arbeiten zur Museumifizierung des Denkmals wurden erledigt, und das 1978 gefallene Kreuz des Turmes wurde an seinen Platz zurückgebracht.