La capilla en honor a Juan de Ustyug fue erigida junto con la capilla de Procopio de Ustyug entre 1817 y 1820. Se sabe que en 1497 se construyó una capilla de madera en honor a Procopio, y probablemente en ese mismo tiempo apareció la capilla en honor a Juan. En 1737, bajo el archimandrita Pahomiy, se completaba la construcción del muro de piedra del monasterio. Dado que la iglesia en nombre de la icono de la Madre de Dios de Vladimir, ubicada detrás de las capillas, servía como las Puertas Santas del monasterio, ambas capillas fueron demolidas. En 1814, el archimandrita de la Desierto decidió restaurar las capillas en su lugar original, y entre 1817 y 1820 fueron reconstruidas. En ese momento, las paredes del monasterio fueron trasladadas, y la entrada con las capillas de Procopio y Juan se convirtió en las nuevas Puertas Santas del monasterio.