Das Fest der Югская Ikone der Gottesmutter wird als Tag der Gründung der Югская Дорофеева пустyn gefeiert. Der Legende nach lebte der Elder-Schemamonch Dorofey, der Ende des 16. und Anfang des 17. Jahrhunderts im Pskowo-Pechersk-Kloster lebte, 1615 zurück mit der Ikone der Odihria in sein Heimatdorf Niedernikulskoje, das in der Nähe der Mologa liegt. An der Stelle, wo die Flüsse Weiße Юга und Schwarze Юга zusammenfließen, erhielt er ein Zeichen von der Ikone, die ihm befahl, hier ein Kloster zu gründen. Dorofey baute an diesem Ort eine Zelle und eine Kapelle, zu der bald die Einheimischen kamen, um das wundertätige Bild zu verehren. Nach seinem Tod wurde mit dem Segen des Patriarchen Filaret an der Stelle des Klosters eine Abtei errichtet.

Dokumente, die diesen Zeitraum der Geschichte beschreiben, sind nicht erhalten geblieben. Es ist nur bekannt, dass die erste hölzerne Kirche zu Ehren der Ikone der Gottesmutter Odihria und ein Seitenaltar zu Ehren der heiligen Märtyrerin Paraskeva Freitag mit Mitteln und Mühen der Einheimischen erbaut wurden. Das Kloster erhielt den Namen Югская Дорофеева.

Zu Beginn des 18. Jahrhunderts wurde die hölzerne Kirche durch zwei steinerne ersetzt, und es wurden steinerne Gebäude für die Brüderlichen Zellen errichtet. 1793 begann der Bau einer Kathedrale zu Ehren der Lebensspendenden Dreifaltigkeit, die ein vier-säuliges, zweigeschossiges Gebäude mit fünf achteckigen Tambouren darstellte und an die Kathedrale des Kasaner Klosters in Jaroslawl erinnerte. Hier ruhen die Reliquien des Gründers des Klosters, des heiligen Dorofey von Югская.

Im 19. Jahrhundert erweiterte sich der Betrieb der Abtei erheblich. In den Jahren 1817-1828 wurde mit Mitteln der Grundbesitzerin Veselitskaya eine einräumige und kuppelartige warme Kirche der Ikone der Gottesmutter Molchenskaya erbaut, die als Tempel des Kloster-Waisenhauses diente. Ihre Formen wurden von der Kirche des heiligen Nikolaus des Wundertäters, die in den Jahren 1836-1842 errichtet wurde, wiederholt. Sie ersetzten die nordöstlichen und südöstlichen Türme der Klosterumfriedung. 1846 wurde die steinerne fünfkuppelige Kirche zu Ehren der Entschlafung der Heiligen Gottesmutter geweiht, die zum warmen Tempel der Abtei wurde. In den Jahren 1839 und 1857 wurde ein vierstöckiger Glockenturm erbaut. Bis zur Mitte des 19. Jahrhunderts bildeten diese Gebäude zusammen mit der steinernen Umfriedung mit Türmen ein einheitliches architektonisches Ensemble im klassizistischen Stil. Außerhalb der Abtei befanden sich drei steinerne Herbergen für Pilger, ein Bad, Scheunen, ein Pferdestall, eine Schmiede, ein Damm zur Wasserspeicherung und ein Klostergarten. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts war die Югская Дорофеева пустын eine der reichsten und am besten ausgestatteten Abteien der Diözese und stellte ein wichtiges Zentrum des Mönchtums in Russland dar.

Nach der Oktoberrevolution wurde das Kloster geschlossen und seine Werte beschlagnahmt. 1920 wurde hier eine Kinderkommune untergebracht, und in den 1930er Jahren wurde die Abtei als Wohnraum für den Volgostroy übergeben. Die meisten Gebäude außerhalb des Klosters und die angrenzenden Grundstücke gingen in den Besitz des Staatsguts „Юга“ über. Das Kloster wurde im April 1941 bei der Flutung des Rybinsk-Stausees zerstört.