Die erste Erwähnung des Klosters in den Chroniken datiert auf das Jahr 1620, als es von dem Mönch Gelasios gegründet wurde. Die Mönche lebten und beteten in den kreidehaltigen Höhlen, die in Architektur und Planung an die Höhlen von Kiew-Petschersk erinnerten und in einen der Hügel in der Nähe des Dorfes Tschernjanka gehauen waren. In diesen Höhlen befanden sich asketische Zellen mit einem Bett und einem Tisch, die aus Kreide gemeißelt waren, sowie ein unterirdischer Tempel.

Das Kloster bestand 144 Jahre und wurde 1764 auf Befehl von Kaiserin Katharina II. geschlossen. Der Eingang zu den Höhlen wurde verschüttet, und die Gottesdienste im unterirdischen Tempel wurden eingestellt. Die Verklärungskirche des Klosters, die in den 1650er Jahren erbaut wurde, wurde zur Pfarrkirche.

Im Laufe der Zeit konnten die Bewohner des Dorfes Holki nicht mehr den Ort angeben, an dem die 1757 erbaute Tor-Kapelle stand, und der Zugang zum unterirdischen Kloster ging verloren.

In den 1970er Jahren zeigten Historiker und Heimatforscher Interesse an den Höhlen, und die Leitung des Tschernjanka-Bezirks beschloss, sie wiederherzustellen. Teilweise restaurierte Holkowski-Höhlen wurden Anfang der 1990er Jahre für Besucher geöffnet, und die Arbeiten zur Wiederherstellung dauerten an.

1995 begannen im unterirdischen Heilig-Troitzky-Tempel Gottesdienste, die von Geistlichen des Tschernjanka-Bezirks geleitet wurden. Holki wurden nicht nur von Touristen, sondern auch von Pilgern besucht.

1996 wurden auf dem Gelände des alten Holkowski-Klosters von Bischof Ioann von Belgorod und Starooskol drei Grundsteine für den Bau von zwei Tempeln und einer Kapelle geweiht.

Zuerst wurde am Eingang zu den Höhlen ein Tor-Tempel im Namen der Heiligen Anton und Theodosius von Kiew-Petschersk erbaut, dann die Wladimir-Kapelle.

Im Dezember 1999 weihte der Erzbischof von Belgorod und Starooskol Ioann den Kloster-Tempel zu Ehren des Don-Ikone der Gottesmutter. In der Sitzung des Heiligen Synods der Russisch-Orthodoxen Kirche am 28. Dezember 1999 wurde die Eröffnung des Heilig-Troitzky Holkowski Männerklosters gesegnet.