Die Geschichte des Klosters beginnt im Jahr 1385 mit der Gründung der Dreifaltigkeitswüste, die zur Versöhnung der Fürsten von Moskau und Rjasan ins Leben gerufen wurde. Dies ist einer der verehrten Orte des heiligen Sergius von Radonesch. Laut Überlieferung heilte ein verwundeter Krieger der Kulikowo-Schlacht, nachdem er Wasser aus einer lokalen Quelle getrunken hatte, und blieb hier wohnen. In einer Vision besuchte ihn Sergius von Radonesch und segnete die Gründung des Klosters mit den Worten: „Möge der Wille Gottes hier erfüllt werden.“

Die erste dokumentarische Erwähnung des Heilig-Geist-Klosters stammt aus den späten 1620er Jahren, als es als Kloster der Heiligen Lebensspendenden Dreifaltigkeit bezeichnet wurde. Es war arm und wurde 1764 auf Befehl von Katharina II. aufgelöst, und an seiner Stelle wurde ein Waisenhaus eröffnet. 1786 wurden hier Mönche aus dem abgebrannten rjasanischen Heilig-Geist-Kloster umgesiedelt, und das Kloster wurde unter dem Namen Heilig-Geist-Kloster wiederhergestellt.

Im Kloster gab es zwei Kirchen. Die erste, zu Ehren der Wladimirer Ikone der Gottesmutter, gilt als älter und war nach Überlieferung die Hauskirche der Boyaren Romanow. Die zweite Kirche, die Herabkunft des Heiligen Geistes, wurde nicht später als zu Beginn des 17. Jahrhunderts gegründet. Das letzte Gebäude wurde 1880 errichtet, es handelt sich um einen fünftürmigen Tempel im neorussischen Stil mit einer Speisehalle und den Nikolai- und Iljinschen Kapellen. Der Glockenturm wurde zu Beginn des 19. Jahrhunderts errichtet. Im Kloster gab es die Abtswohnung mit der Brüderlichen Speisehalle und einem Garten, ein zweigeschossiges Brüderhaus aus Stein, das zwischen 1818 und 1830 erbaut wurde, ein steinernes Bad, eine Scheune, ein hölzerner Eiskeller und ein steinernes Viehhaus. All diese Gebäude wurden unter den Äbten Arkadij und Pawel in den Jahren 1830-1832 errichtet. Im 19. Jahrhundert war das Kloster wenig bevölkert.

Das Kloster wurde 1918 nach der Revolution geschlossen. Die Gebäude wurden teilweise zerstört und teilweise umgebaut. 1921 wurde hier die erste sowjetische Gewerbeschule der Stadt eröffnet, danach ein agrartechnischer Punkt und ab 1937 eine Parteihochschule. Während des Krieges wurden die Gebäude als Waisenhaus und später als Internat genutzt.

Obwohl es keine historischen Beweise für Begräbnisse auf dem Klosterfriedhof gibt, sind zwei Gräber erhalten geblieben: das von Nadeschda Alexejewna Chudekowa, der Frau des bekannten Dramatikers und Balletthistorikers Sergej Nikolajewitsch Chudekow, und das des Illustrators Peter Michailowitsch Baklewskij.

Heute befindet sich im Kloster das Heilig-Geist-Erzpriesterhaus der Stadt Skopino in der Region Rjasan, das zur Skopinoer Diözese der Russisch-Orthodoxen Kirche des Moskauer Patriarchats gehört.

Am 20. Juli 2013 wurde die Hauskirche zu Ehren des heiligen Märtyrers Ignatius, Bischof von Skopino, geweiht, in der Gottesdienste abgehalten werden.