Die Geschichte des Klosters ist komplex und verworren, ihr Anfang geht in die Tiefen der Jahrhunderte zurück. Ursprünglich war es ein Mädchenkloster, das 1595 erstmals in Dokumenten erwähnt wurde. 1617 begann man mit dem Bau einer Steinkirche, und der Bau zog sich bis zum Ende des Jahrhunderts hin. 1697 beschwerte sich die Äbtissin Anisja bei Peter dem Großen über die Verzögerungen, und er gab die notwendigen Anweisungen, wobei er die Schuldigen benannte: „Dem Hofmeister und dem Woiwoden Stepan Timofejewitsch Klokatschew in Putivl. In den vergangenen Jahren wurde das Heilig-Geist-Mädchenkloster und die Kirche Gottes auf unseren staatlichen Befehl und auf unsere staatliche Kasse begonnen. Die ersten Baumeister des Klosters, Lewonij Lipewanow, Nikifor Jatzyn und Iwan Daschkov, bauten das Kloster etwa zehn Jahre und mehr, und nach ihnen waren die Baumeister die putivlischen Adligen, die jährlich wechselten. Und diese Baumeister setzten den Bau etwa siebzig Jahre und mehr fort. Inzwischen gibt es jetzt, wo das Kloster und die Mauer fertiggestellt werden, weder Baumeister noch Aufseher, noch einen einzigen Menschen.“ Schließlich waren bis 1707 alle Arbeiten abgeschlossen, und es entstand ein Ensemble aus den erhaltenen Gebäuden. 1770 wurde das Kloster aufgelöst, und seine Bauten wurden der städtischen Spasski-Kirche übergeben.

Im Zentrum des Klosters, hinter einer steinernen Mauer mit monumentalen Toren, erhebt sich die schneeweiße Spaso-Transfiguration-Kathedrale mit fünf Zwiebelkuppeln. Dieser Typ von Tempel ist charakteristisch für die Moskauer Architektur des 17. Jahrhunderts. Der hohe quadratische Bau kontrastiert mit der niedrigen Vorhalle, der Galerie, den Apsiden und dem Seitenaltar, die ihn umgeben. Trotz der monumentalen Größe ist das Bauwerk elegant und entspricht dem Geist der Architektur der Peterszeit. Die Wände des Hauptvolumens sind mit schmalen Halbsäulen geschmückt, die Fenster sind in zwei Reihen angeordnet und mit feinen skulpturalen Rahmen umgeben. Das Innere der Kathedrale beeindruckt mit Weite und Höhe, großzügig beleuchtet durch zahlreiche Fenster, was im Kontrast zu den niedrigen, dunklen Galerien und Seitenaltären steht, die mit breiten Bögen mit dem zentralen Volumen verbunden sind. Die Wände im Inneren sind weiß getüncht, und der fünfstöckige Ikonostase, der bis zu den Gewölben reicht, sieht aus wie ein märchenhafter Teppich. Er gehört zum Typ der russischen Ikonostasen des 17. Jahrhunderts mit horizontalen Gesimsen und vertikalen geschnitzten Säulen auf dunkelrotem Hintergrund. Die Meister brachten lokale Merkmale ein: Die königlichen Tore haben einen ukrainischen Durchgang mit abgeschrägten Ecken, und die Weintraube an den Säulen ist typisch für den ukrainischen Barock. 1907 wurde der Ikonostase restauriert und unter der Aufsicht der Kaiserlichen Archäologischen Kommission neu vergoldet. In der linken Uferregion der Ukraine sind keine anderen Ikonostasen des 17. Jahrhunderts erhalten geblieben, daher ist der putivlische einzigartig.

Im Zentrum der Kathedrale hängt an einer langen Kette ein silberner Kronleuchter, der in Nürnberg gefertigt und von Peter dem Großen geschenkt wurde. Er hat einen barocken Charakter, der durch das exquisite Design der Konsolen betont wird. Die untere Kugel ist mit einem Ornament verziert, das an ukrainischen Schmuck des 17. Jahrhunderts erinnert, was den Schluss nahelegt, dass der Entwurf des Kronleuchters von einem ukrainischen Meister angefertigt wurde. Südlich der Kathedrale befindet sich die übertorige Kreuzerhöhungskirche mit Glockenturm, die 1697-1707 als übertorige Kirche des Heilig-Geist-Klosters erbaut wurde. Sie ist zweigeschossig: Über dem westlichen Vorraum erhebt sich der achteckige Glockenturm mit einem Zeltdach und einer Kuppel. Der zweigeschossige Anbau von Westen, der die Asymmetrie ausgleicht, wurde 1764 errichtet.

Die Architektur des Denkmals zeichnet sich durch Einfachheit, Größe und Kraft der Formen aus. Die lakonische Architektur der Kirche mit Glockenturm kontrastiert mit der Eleganz der Kathedrale. Die Kathedrale ist statisch, während die übertorige Kirche dynamisch ist: Die architektonischen Massen steigen von der Apsis über das zentrale Volumen zum achteckigen Glockenturm an. Letzterer hatte neben den kultischen Funktionen auch eine defensive Bedeutung, was durch die Schießscharten im Fundament belegt wird. Mit diesem Gebäude ist eine interessante Seite der Geschichte Putivls verbunden. Der Legende nach verbannte Peter der Große nach dem zweiten Strelzenaufstand die Zarin Sofia nach Putivl und sperrte sie im Kloster ein. Sie wurde im ersten Stock der übertorigen Kirche in einer Zelle rechts vom Tor untergebracht. Auf Befehl Peters stand sie „unter strenger Wache“, aber das schien nicht genug zu sein, und in Holland wurden Uhrenschläge hergestellt, die jede Minute laut schlugen. Sie wurden unter den Fenstern von Sofias Zelle installiert, damit sie ihren „lieben Bruder“ nicht vergaß. Doch bald erkannte Peter, dass es unsicher war, Sofia in Putivl zu halten, da sie ein „Banner“ für die strelzenischen Truppen, die zu Aufständen neigten, werden konnte. Daher wurde die Zarin entfernt, und die Uhren gelangten im 19. Jahrhundert in das Molchansky-Kloster, wo ihr Schlag alle nervte, bis sie zerbrochen wurden.