Die Geschichte des Klosters beginnt mit dem Erscheinen des Einsiedlers Dionysius im abgelegenen Mokschan-Wald. Laut Legende ließ sich Dionysius um 1650 fünf Werst von der Roten Siedlung entfernt, am Ufer des Flusses Moksha, im Kiefernwald nieder. Er baute eine Zelle, hielt Gottesdienste ab und arbeitete für Gott und das Heil seiner Seele. Im Jahr 1652 sicherte der Bauer Putilka Dmitriev Bazhenov das neue Einsiedlerleben, wie die Zelle von Dionysius genannt wurde, mit all seinen Ländereien. Die Bewohner der Roten Siedlung reisten nach Moskau, um beim Patriarchen Nikon die Erlaubnis zum Bau einer Kirche in dieser Einsiedelei zu erhalten. Sie erhielten den Segen zum Bau der Kirche.

Die Gründung des Spaso-Transfiguration Klosters wird durch ein Schreiben des Patriarchen Nikon vom 6. August 1655 bestätigt. Bis 1930 wurde es im Kloster aufbewahrt, dann im Heimatmuseum, wo es Anfang der 1970er Jahre verschwand. In dem Schreiben wurde um den Bau einer Kirche im Namen der Verklärung des Herrn durch die Bewohner der Roten Siedlung gebeten. Patriarch Nikon gab den Segen für den Bau und die Bereitstellung von Antimins.

Der Bau der Kirche nahm nicht viel Zeit in Anspruch, und bereits im Februar 1656 wurde die Kazan-Kirche geweiht. Der erste Abt wurde der Mönch Arsenij. Die ersten anderthalb Jahrhunderte entwickelte sich das Kloster langsam und erinnerte eher an eine Einsiedelei. Im Jahr 1682 besaß das Kloster 1439 Desjatinen Land, und es lebten 16 Mönche und 45 Novizen darin.

Im Jahr 1702 bat der Abt Peter I. um die Wiederaufnahme der Ausgabe von Brot- und Geldzulagen, damit die Mönche nicht verhungerten. Als Antwort wurde dem Kloster Land geschenkt. In der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts blieb von den vier Klöstern der Roten Siedlung nur das Spaso-Transfiguration Kloster übrig, obwohl es nicht regulär war. Ende des 18. Jahrhunderts besaß das Kloster 1292 Desjatinen Land, darunter Ackerland, Wiesen und Wald.

Unter den bekannten Mönchen des Klosters war der Alte Gerasim, der Gründer der Einsiedelei am Fluss Rjabka. Er kam im Zeitalter von Dionysius ins Kloster und wurde später dessen Abt. Gerasim lebte als Einsiedler, betrieb Gartenbau und verteilte Geld an die Armen. Nach seinem Tod um 1700 wurde sein Grab zu einer verehrten Heiligkeit.

Im Jahr 1793 wurde der Hieromönch Gennadij Abt des Klosters, der die Abtei aktiv entwickelte. Unter ihm begann der Bau des Steinklosters. 1799 wurde die Transfiguration-Kathedrale erbaut, und 1817 wurde die Alexander-Newski-Kirche geweiht.

Bis 1917 stellte das Kloster einen vollendeten Komplex im klassizistischen Stil dar. 1928 wurde das Kloster geschlossen und zerstört. 1995 wurde das Kloster wiederhergestellt, und seit 2004 wird es restauriert. Derzeit leben sieben Mönche im Kloster.