Das Pokrowski-Kloster, gegründet im Jahr 1410 von Fürst Simeon Wladimirowitsch, der zwischen 1426 und 1428 an der Pest starb, stand an der Stelle der Kirche. Im Jahr 1414 nahm der heilige Pafnutij dort das Mönchsleben an. Er verbrachte zwanzig Jahre im Kloster und wurde 1434 dessen Abt. Am 23. April 1444 verließ Pafnutij jedoch unerwartet die Abtei und gründete ein neues Kloster am Fluss Isterma zu Ehren der Geburt der Heiligen Gottesmutter. Der Legende nach wurden seine Eltern, Ivan und Fotinia, im Pokrowski-Kloster beigesetzt.

Zu Beginn des 17. Jahrhunderts gab es im Kloster zwei Tempel: einen steinernen zu Ehren des Schutzmantels der Heiligen Gottesmutter und einen hölzernen zu Ehren des Einzugs des Herrn in Jerusalem, sowie hölzerne Zellen. Im Jahr 1610 verwüsteten und verbrannten Litauer und Polen diese. In den Jahren 1615 und 1618 erließ Zar Michael Fjodorowitsch Erlass, der den Wiederaufbau der Wysokowskaja-Abtei anordnete. Damals wurde eine neue hölzerne Kirche des Schutzmantels der Heiligen Gottesmutter und Zellen errichtet, geschmückt mit Kirchengeräten aus dem Pafnutijew-Kloster.

Im Jahr 1764, infolge der Säkularisation der Kirchenländer, wurde das Hoch-Pokrowski-Kloster zur Pfarrkirche und bis 1917 der städtischen Kreuzerhöhungskirche angegliedert. Das Gebiet um ihn herum verwandelte sich in einen städtischen Friedhof.

An der Wende vom 19. zum 20. Jahrhundert wurde in der Nähe des Altars, wo laut lokaler Überlieferung die Eltern des heiligen Pafnutij ruhen, eine Kapelle errichtet.

Im Jahr 1932 wurde der Tempel geschlossen, und 1950 wurde er dem balabanowskij Punkt „Zagotserno“ übergeben. Im Jahr 1962 wurde er in die Liste der Architekturdenkmäler aufgenommen und nicht genutzt.

Derzeit ist der Tempel der Russischen Orthodoxen Kirche übergeben. Er ist das einzige Denkmal der Holzarchitektur des 17. und 18. Jahrhunderts in der Region Kaluga.