Am 15. November 1890 fand die erste Sitzung der Perm-Kommission der Ural-Gesellschaft der Naturwissenschaftler statt, und dieser Tag gilt als Gründungsdatum des Perm-Museums. Am 25. Januar 1894 öffnete das Museum erstmals seine Türen für die Öffentlichkeit in einem Gebäude in der Pokrowskaja-Straße, Haus 38, das kostenlos zur Verfügung gestellt wurde. 1897 zog das Museum in ein renoviertes Gebäude in der Petropawlowskaja-Straße, Haus 38.

Im Jahr 1901 wurde die Satzung des Perm-Wissenschafts- und Industrie-Museums angenommen, das Nachfolger der Perm-Kommission der Ural-Gesellschaft der Naturwissenschaftler wurde. 1919, nach der Errichtung der sowjetischen Macht, wurde in Perm das Provinzkomitee für Museumsangelegenheiten und den Schutz von Kunst- und Altertümern gegründet, das von A. K. Syropyatov geleitet wurde. Im Dezember 1923 zog das Museum in das Gebäude des ehemaligen theologischen Seminars.

Später erhielt das Museum die Gebäude des ehemaligen Bischofshauses, die Räumlichkeiten des ehemaligen Galanteriewarenladens der Zentralen Arbeiterkooperative und das Gebäude der Kathedrale. Der Umzug in diese Räumlichkeiten wurde 1931 abgeschlossen. Allerdings wurde 1941 das Hauptgebäude des Museums, das Bischofshaus in der Komsomolskaja-Allee, Haus 6, einem Wohnheim des medizinischen Instituts übergeben, und das Museum wurde konserviert. 1943 wurde das Gebäude dem Museum zurückgegeben, und die Arbeit wurde wieder aufgenommen.

In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts entwickelte sich das Museum aktiv weiter, seine Bestände wurden erweitert und neue Zweigstellen eröffnet. Die erste davon, das Gedenkhaus-Museum „Untergrunddruckerei“, wurde am 5. November 1968 eröffnet.

Am 15. November 2007 empfing das Permanische Heimatmuseum zuletzt Besucher im Gebäude in der Komsomolskaja-Allee, Haus 6, danach begann der Umzug in das Meschkow-Haus. Am 18. Mai 2009, am Internationalen Museumstag, öffnete das Museum erneut seine Türen für Besucher im restaurierten Meschkow-Haus.