Das Neujungfrauenkloster in Moskau wurde 1524 von Großfürst Wassili III. zu Ehren der Rückkehr Smolensks aus der Herrschaft des litauischen Fürstentums im Jahr 1514 gegründet, was einen wichtigen Schritt zur Bildung eines einheitlichen russischen Staates darstellt. Der Haupttempel des Klosters wurde der Ikone der reinen Gottesmutter "Odigitria" gewidmet, der Hauptheiligen Smolensks.

Seit seiner Gründung bis zum 18. Jahrhundert erhielt das Kloster erhebliche Unterstützung von den russischen Zaren. Unter den Nonnen waren Verwandte von Zaren wie Iwan dem Schrecklichen, Boris Godunow und Peter I. sowie Vertreter adliger Familien wie den Worotynskis, Kubenskis und Chitrovo. Dank großzügiger Spenden wurde das Kloster bis Ende des 17. Jahrhunderts zum zweitreichsten Frauenkloster in Russland.

Am Anfang der Smolensker Straße gelegen, hatte das Kloster strategische Bedeutung für die Verteidigung Moskaus. Bis zur Mitte des 17. Jahrhunderts war es Teil des Verteidigungssystems der Hauptstadt und schützte die südwestlichen Zugänge und Flussübergänge. Das Kloster nahm an der Abwehr der Überfälle der Krimtataren in den Jahren 1571 und 1591 teil, und 1612 fand an seinen Mauern die entscheidende Schlacht zur Befreiung Moskaus von polnischen Interventen statt.

Im 17. Jahrhundert, insbesondere während der Herrschaft der Zarin Sofia Alexejewna, erlebte das Kloster eine Blütezeit und wurde zur Sommerresidenz der Herrscherin. In dieser Zeit entstand sein architektonisches Ensemble, das bis heute erhalten geblieben ist. Nach Sofias Teilnahme am Kampf um den Thron wurde das Kloster zu ihrem Exilort, wo sie zur Nonne ordiniert wurde und 1704 starb.

Seit Anfang des 18. Jahrhunderts verlor das Kloster den Status einer Hofresidenz, und nach den Reformen von Katharina II. im Jahr 1764 verlor es seinen Grundbesitz und wurde der ersten Klasse mit staatlicher Unterstützung zugeordnet. Während des Vaterländischen Krieges von 1812 wurde das Kloster von einer französischen Garnison besetzt, aber durch die Bemühungen der Nonnen unter der Leitung der Schatzmeisterin Sara Nikolajewna vor der Zerstörung bewahrt. Die von der Zarin Irina Godunowa gegründete Goldstickerei-Werkstatt arbeitete bis ins 20. Jahrhundert.

Im 19. Jahrhundert führte das Bewusstsein für die kulturelle und historische Bedeutung des Klosters zu Beginn von Restaurierungsarbeiten im Jahr 1898. Nach der Revolution von 1917 wurde das Kloster zu einem Museum und ging in staatlichen Besitz über, das klösterliche Leben wurde für 72 Jahre unterbrochen.

1928 wurden die Gottesdienste in der Uspenski-Kirche eingestellt, und 1929 fand eine "Räumung" des Friedhofs statt, bei der etwa 100 von 2811 Grabsteinen erhalten blieben. Nach dem Großen Vaterländischen Krieg wurde das kirchliche Leben allmählich wieder aufgenommen: 1944 wurde das Orthodoxe Theologische Institut eröffnet, 1945 wurden die Gottesdienste wieder aufgenommen, und 1948 fanden Feierlichkeiten zum 500. Jahrestag der Autokephalie der Russisch-Orthodoxen Kirche statt. Seit 1964 ist die Uspenski-Kirche die Kathedrale der Metropoliten von Krutitsk und Kolomna.

Bis 1980 wurde die umfassende Restaurierung des Klosters abgeschlossen, und es wurde zu einem beliebten Touristenziel. Im Herbst 1994 wurde das klösterliche Leben im Kloster wieder aufgenommen, und 2010 wurde das Ensemble des Klosters der Russisch-Orthodoxen Kirche zurückgegeben.