Ernst Unknown besuchte die Schule Nr. 16 in Swerdlowsk und freundete sich in der Schulzeit mit Wladimir Winnytschewski an. Von 1939 bis 1942 nahm er an den Allunionswettbewerben für Kinderkunst teil. 1942 trat er in die Mittlere Kunstschule bei W. A. Ch. in Leningrad ein, doch wurde die Schule 1941 und 1944 nach Samarkand evakuiert.

Im August 1942 wurde Unknown in die Rote Armee eingezogen und begann seine Ausbildung an der 1. Turkestanischen Maschinengewehrschule in Kuschk, Turkmenistan. Nach dem Abschluss der Schule im Oktober 1943 wurde er im Rang eines Leutnants an die Front der 4. Ukrainischen Front versetzt. Am 14. März 1944 wurde er zum Kommandeur eines Schützenzuges des 260. Gardeschützenregiments der 86. Gardeschützendivision der 5. Stoßarmee ernannt. Im Rahmen der Division nahm er an Kampfoperationen der 2. und 3. Ukrainischen Fronten teil, einschließlich des Sturms auf Budapest. Am Ende des Krieges, am 22. April 1945, wurde er in Österreich schwer verwundet und für tot erklärt, erhielt jedoch später den Orden der Roten Sterne und die Medaille „Für Tapferkeit“. Nach der Verwundung ging er drei Jahre lang mit Krücken und kämpfte mit starken Schmerzen.

Einige Zeit unterrichtete er Technisches Zeichnen an der Swerdlowsker Infanterieschule. 1946 und 1947 studierte er an der Kunstakademie der Lettischen SSR in Riga und dann von 1947 bis 1954 am Moskauer Kunstinstitut für V. I. Surikow. Er besuchte auch Kurse an der Philosophischen Fakultät der Moskauer Staatsuniversität. 1955 wurde er Mitglied der Sektion der Bildhauer der Moskauer Abteilung des Verbands der Künstler der UdSSR, wurde jedoch 1962 ausgeschlossen und setzte seine künstlerische Tätigkeit in der UdSSR bis 1976 fort.

Am 17. Juni 1973 beantragte Unknown die Ausreise nach Israel. Am 10. März 1976, nach drei Jahren im Status eines Ausreiseverweigerers, verließ er die Sowjetunion und emigrierte über die Schweiz in die USA.

Seit 1977 lebte Ernst Unknown in New York und arbeitete an der Columbia University. Sein 80. Geburtstag feierte er in Russland.

1996 war er Kulturberater des Präsidenten der RF Boris Jelzin.

In den letzten Lebensjahren war Unknown ernsthaft krank und unterzog sich einer Gehirnoperation. Es gibt zwei Versionen über seine letzten Jahre. Nach einer von seinem Neffen Andrei Rylov geäußerten Version behandelte seine Frau Anna Graham ihn schlecht und warf seine Tochter Olga aus dem Haus. Nach einer anderen Version, die Tamara Labadze präsentierte, kümmerte sich Anna um ihren Mann.

Ernst Unknown starb am 9. August 2016 in New York im Alter von 92 Jahren. Die Trauerfeier fand in der Nikolai-Kathedrale in Manhattan statt, und er wurde auf Shelter Island in den USA beigesetzt.

Laut der Witwe Anna Graham waren zum Zeitpunkt seines Todes 3.500 Dollar auf ihrem Bankkonto. Sie behauptete, die Wohnung der Eltern und das Porträt ihrer Mutter verkauft zu haben, um eine Beerdigung im Wert von 300.000 Dollar zu organisieren. Der Neffe Rylov erklärte, dass Graham die Werke von Unknown zum persönlichen Vorteil verkaufte.