Das Museum wurde am 12. Februar 1889 dank der Bemühungen von Innokentij Alexejewitsch Matwejew und seiner Frau Julia Petrowna Matwejewa, der Tochter des Kaufmanns Peter Iwanowitsch Kuznetsow, eröffnet. Sie waren Vertreter der lokalen Intelligenz. Ursprünglich befand sich das Museum im Anwesen der Krutowskys in der Straße Karatanova, Haus 11. Später wurde es in den zweiten Stock der Handelsreihen am Alten Marktplatz verlegt.

Das moderne Gebäude des Museums, das im ägyptisierenden Stil des Historismus gestaltet ist, wurde vom bekannten krasnojarsker Architekten Leonid Alexandrowitsch Tschernyschow entworfen. Im Jahr 1912 gründete die Stadtverordnetenversammlung Krasnojarsk einen Ausschuss für den Bau des Heimatmuseumgebäudes und wählte das Projekt von Tschernyschow aus. Der Architekt erklärte sich bereit, das Projekt kostenlos zu entwickeln und die Bauarbeiten zu überwachen. Die Arbeiten begannen im Frühjahr 1914 nach der Ernennung von Iwan Iwanowitsch Kraft zum Gouverneur der Jenissei-Region.

Aufgrund des Ausbruchs des Ersten Weltkriegs blieb das Gebäude jedoch unvollendet. Lange Zeit beherbergte es Kasernen und 1920 ein Militärkrankenhaus. Im selben Jahr brannte das Gebäude während der Begasung der Räume mit Schwefel nieder. Die Renovierung begann erst 1927, und der Bau wurde 1929 endgültig abgeschlossen.

Seit 1930 befinden sich die Ausstellungen und Bestände des Museums im heutigen Gebäude, das von Tschernyschow entworfen wurde. Während des Zweiten Weltkriegs wurden die Ausstellungen eingestellt, und im Gebäude war die Verwaltung des Nordmeerweges untergebracht.

In den Jahren 1987 und 2001 wurde das Museum umfassend renoviert. Auf der Nordseite wurde ein modernes Depot gebaut. Im Jahr 2013 wurden die Fassaden des Museums nach dem Originalprojekt restauriert.

Die Ausstellung des Museums umfasst die Geschichte einer riesigen Region von der Antike bis zur Gegenwart. Das Museum hat fünf Filialen und besitzt die größte Museumsammlung jenseits Ural. Führungen werden in vier Sprachen angeboten: Russisch, Englisch, Deutsch und Französisch.