Das Kloster erhielt seinen Namen von der Gegend, in der es gegründet wurde, die früher als "Berg" bekannt war, und von der Kathedrale der Himmelfahrt der Gottesmutter. Die Gründung des Klosters wird auf das Jahr 1590 datiert, als die Äbtissin Domnikija, während der Herrschaft von Zar Fjodor Iwanowitsch und des Erzbischofs von Wologda und Großperm, Jona, seine erste Äbtissin wurde. Dies wird durch zwei erhaltene Urkunden bestätigt, von denen eine, eine Petition aus dem Jahr 1613, von den Äbtissinnen dem Erzbischof Silvester vorgelegt wurde.

Das erste steinerne Gebäude des Klosters, ein einstöckiger Krankenhausbau, wurde in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts errichtet. In den Jahren 1692 und 1699 wurde die Kathedrale der Himmelfahrt der Gottesmutter mit einem Glockenturm und einer Winterkirche des heiligen Sergius von Radonesch erbaut. In den Jahren 1709 und 1714 wurde die Tor-Kirche des heiligen Alexius, des Menschen Gottes, errichtet. Ende der 1790er Jahre wurde das Kloster von einer steinernen Mauer mit vier Türmen an den Ecken umgeben.

Im Jahr 1792 zerstörte ein Feuer alle hölzernen Gebäude des Klosters, was zum Verlust vieler Dokumente führte, und daher sind nur wenige Informationen über seine Geschichte bis zum 19. Jahrhundert erhalten geblieben. Im Jahr 1824 besuchte der Kaiser Alexander I. das Kloster, und in den Jahren 1826 und 1828 wurde mit seinen Mitteln ein zweigeschossiges Äbtissinnenhaus gebaut.

Im Jahr 1860 wurde auf Anordnung des Heiligen Synods die Nikolaus-Ozerskaja-Kirche dem Gorny-Uspenski-Kloster zugeordnet. In den Jahren 1870 und in den 1890er Jahren wurden Gebäude für ein Waisenhaus und eine diözesane Mädchenschule errichtet. Bis zum Ende des 19. Jahrhunderts diente das Kloster als Verbannungsort für Frauen wegen Ehebruchs und Prostitution. Im Jahr 1880 wurde der Glockenturm umgebaut, und im Jahr 1888 verwandelte Bischof Theodosij das Waisenhaus in eine diözesane Mädchenschule, die 1903 in ein neues Gebäude außerhalb des Klosters umzog.

Im Jahr 1918 wurde das Kloster geschlossen, aber einige Nonnen blieben bis 1923-1924 dort, bis es endgültig für die Bedürfnisse der Roten Armee übergeben wurde. Die Uspenski-Kathedrale blieb bis 1924 in Betrieb. Nach der Vertreibung ließen sich einige Nonnen in Häusern in der Nähe des Klosters nieder. In der sowjetischen Zeit befand sich auf dem Klostergelände ein Durchgangsgefängnis des NKWD und eine Militäreinheit, und die Klostermauer wurde zerstört.

Im Jahr 1995 begann die Wiederherstellung der Uspenski-Kirche, und ab 1996 fanden dort wieder Gottesdienste statt. Das Äbtissinnenhaus und das Gebäude des Waisenhauses wurden als Geschäfte und Lager genutzt. Am 15. November 2014 besichtigte der Metropolit von Wologda und Kirillow, Ignatij, das Äbtissinnenhaus und beschloss, das Gorny-Uspenski Frauenkloster im Status eines Bischöflichen Vororts zu gründen. Innerhalb eines Jahres wurde das ehemalige Äbtissinnenhaus für den Aufenthalt der Schwestern und die Unterbringung der Regentenabteilung des Wologda Geistlichen Seminars vorbereitet. Am 24. Dezember 2015 beschloss der Heilige Synod der Russisch-Orthodoxen Kirche, das Kloster zu eröffnen und die Nonne Filareta Dorokhina zur Äbtissin zu ernennen. Am 26. Dezember erhob Metropolit Ignatij sie in den Rang einer Äbtissin.

Nach der Wiederbelebung des Klosters wurden mehrere Räumlichkeiten grundlegend renoviert, ein Teil des Daches des alten Gebäudes wurde ersetzt, eine klösterliche Landwirtschaft wurde geschaffen, und die Ikonenmalerei sowie die Schneiderei entwickeln sich.