Nikolai Fjodorowitsch Fjodorow war der uneheliche Sohn von Fürst Pawel Iwanowitsch Gagarin. Sein Vater diente zunächst 13 Jahre in den Städten Zentralrusslands und wurde dann Bibliothekar des Rumjanzew-Museums.

Fjodorow schloss 1849 das Gymnasium in Tambow ab und setzte seine Ausbildung bis 1852 am Richelieu-Lyzeum in Odessa fort. Er verließ das Lyzeum jedoch nach einem Konflikt mit einem Lehrer während der Abschlussprüfungen. Von 1854 bis 1868 unterrichtete Fjodorow Geschichte und Geografie an den Bezirksschulen Zentralrusslands. Ab 1868 arbeitete er in Moskau: zunächst in der Tschertkow-Bibliothek und ab 1874 für 25 Jahre als Bibliothekar des Rumjanzew-Museums, danach im Lesesaal des Moskauer Archivs des Außenministeriums.

Die grundlegende philosophische Idee Fjodorows entstand als Erleuchtung nach dem Tod seines Onkels und Gönners, Fürst Konstantin Iwanowitsch Gagarin, im Herbst 1851. Er war der Meinung, dass es notwendig sei, alle jemals auf der Erde lebenden Menschen wiederzubeleben. Dieser Gedanke entstand nicht nur als Protest gegen den Tod, sondern als Erkenntnis eines natürlichen Gesetzes und göttlichen Plans. Das von Gott geschaffene Leben sollte ewig dauern, und der Tod ist unnatürlich. Wissen und Wissenschaft sollten den Tod besiegen und helfen, alle Verstorbenen wiederzubeleben. Dies sollte eine gemeinsame Sache werden, die alle Menschen vereint. Fjodorow entwarf ein „Projekt“ der Auferstehung.

Fjodorow hinterließ kein zusammenhängendes Werk, das seine Ideen darlegt. Alles, was bekannt ist, wurde aus seinen Briefen an Freunde V.A. Koschewnikow und N.P. Peterson gesammelt, die seine Gedanken in dem Werk „Philosophie der gemeinsamen Sache“ zusammenfassten. Der erste Band erschien 1906 in Werny, der zweite 1913 in Moskau, und der dritte blieb als Manuskript.

Fjodorow war mit seinem Schreibstil unzufrieden und glaubte, dass er seine Ideen nicht klar genug vermitteln könne. Dennoch erregte sein Stil, obwohl archaisch, Respekt und war einzigartig. Er schlug seinen Freunden vor, seine Ideen zugänglicher zu formulieren.

Fjodorow lebte asketisch, ernährte sich von Brot und Tee, schlief auf einer Truhe, trug denselben Mantel und gab sein Gehalt den Bedürftigen. Trotz alledem liebte er das Leben und widmete sich dem Kampf gegen den Tod. Sein Alter war schwer zu bestimmen, und er machte den Eindruck eines alten Mannes. Leo Tolstoi, der ihn traf, hielt ihn für älter als sich selbst, obwohl sie Altersgenossen waren. Das Aussehen Fjodorows spiegelte seine Philosophie wider, das Streben, alles Alte wiederzubeleben. Er war ein Mensch der Güte und moralischen Reinheit, mit einem einprägsamen Gesicht. Seine Gelehrsamkeit beeindruckte alle, und er kannte fast alle Bücher des Rumjanzew-Museums.

Ein Jahr vor seinem Tod verbrannte Fjodorow einen Teil seiner Manuskripte, und Peterson, besorgt um sein Erbe, brachte die verbleibenden heimlich nach Aschchabad. S.P. Bartenew schrieb über den Eindruck vom Tod Fjodorows: „Es war kaum zu fassen, dass dieser Mensch, der gegen den Tod kämpfte, jemals sterben würde. Als es geschah, erschien mir die Welt klein und fern. So einen Menschen gibt es nicht mehr!“