Die Kirche des Erzengels Michael über den Heiligen Toren wurde um 1670 erbaut. Quellen verbinden ihren Bau mit dem Leibeigenen Pawel Sidorowitsch Potechin, der zunächst den Scheretevs, dann den Odoyevskys und später den Tscherkasskys gehörte. Er schuf auch solche architektonischen Meisterwerke wie die Kirche des Erzengels Michael in Archangelskoje, die Kirche des heiligen Nikolaus in Nikolsk-Uryupin und die Kirche der Heiligen Dreifaltigkeit in Ostankino. All diese Tempel, einschließlich der Kirche des Erzengels Michael, wurden nach seinen eigenen Entwürfen errichtet. Ende des 17. Jahrhunderts sah die Kirche anders aus als heute, was auf dem Ikone des heiligen Makarius zu sehen ist, die von dem berühmten Ikonenmaler Simon Ushakov im Jahr 1661 gemalt wurde. Darauf ist die Tor-Kirche mit einer Kuppel und Kokoshniki dargestellt, die sich von der oberen Grenze der Wände zur Trommel der Kuppel verjüngen. Später wurden die Kokoshniki unter dem Dach verborgen, und in den Ecken wurden vier kleine Kuppeln hinzugefügt. Diese Veränderungen sind auf dem Bild des Klosters zu sehen, das von A. G. Ukhtomsky im Jahr 1816 angefertigt wurde.

Heute präsentiert sich die Tor-Kirche des Makariowo-Želtovodski Klosters den Besuchern mit fünf Kuppeln. Innen ist sie hell und bescheiden dekoriert: die Wände sind weiß getüncht, und der kleine Ikonostase strahlt in Weiß und Gold. Hier befindet sich das Bild des heiligen Makarius, das von Simon Ushakov geschaffen wurde und in einem besonderen Kiot platziert ist. In den sowjetischen Jahren stand die Kirche kurz vor der Zerstörung, da auf dem Gelände des Klosters Einrichtungen untergebracht waren, die sich nicht um den Erhalt historischer Gebäude kümmerten. Die Kirche und einige Türme sind wie durch ein Wunder nicht eingestürzt, wahrscheinlich dank der Restaurierungsarbeiten, die kurz vor der Revolution durchgeführt wurden und es ihnen ermöglichten, länger zu bestehen.

Im Jahr 1948 beschädigte eine starke Überschwemmung die Steinböschung, die in den Jahren 1880-1890 erbaut wurde, was dringende Maßnahmen zum Erhalt des Denkmals für Architektur und Geschichte erforderte. Damals begannen die Wiederherstellungsarbeiten, aber aufgrund unzureichender Finanzierung und dem Bau des Tschiboksar-Kraftwerks Ende der 1960er Jahre war die Restaurierung der Wände und Kirchen des Klosters erschwert.

Eine teilweise Restaurierung der Tor-Kirche des Erzengels Michael wurde 1959 durchgeführt. Die Ziegelmauer der Wände, die Gesimse, die Arkaturbänder der Trommeln und Gewölbe wurden wiederhergestellt; außerdem wurde eine Metallabdeckung für die Apsis, die Übergangsgalerie und das Gewölbe des Hauptvolumens verlegt, die durch das Feuer von 1945 zerstört worden waren. Die endgültige Restaurierung der Kirche fand in den 1980er Jahren statt, und die vollständige Restaurierung der Klostergebäude und der Festungsanlagen begann erst nach der Übergabe des Dreifaltigkeits-Makariowo-Želtovodski Klosters an die Kirche.