In den neunziger Jahren des 19. Jahrhunderts wurde die Kazan-Erzdiakonenkirche zu einem der Schlüsselobjekte des Biysker Erzdiakonats und prägte dessen einzigartiges Erscheinungsbild. Sie ist eine der ältesten erhaltenen und aktiven Kirchen in Biysk. Die aus rotem Ziegel mit blauen Kuppeln erbaute Kirche stand auf einem Hügel und war der Haupttempel des Erzdiakonats und der Altai-Geistlichen Mission. An ihrer Stelle befand sich zuvor eine Holzkirche, die der Kazan-Ikone der Gottesmutter geweiht war und 1886 zusammen mit dem Erzdiakonatshaus abbrannte.

Nach der Wiederherstellung des Erzdiakonatshauses begann der Bau der neuen Ziegel-Kazan-Kirche. Am 16. März 1888 wandte sich der Bischof von Biysk, Makariy Nevsky, an den Bischof von Tomsk und Semipalatinsk, Isaak, mit der Bitte, den Plan und die Fassade der Kirche zu genehmigen und den Bau zu erlauben. Die Genehmigung wurde erteilt.

Die Kirche wurde aus Spenden und Mitteln erbaut, die von den Bauern des Altai-Bergbaukreises zum Gedenken an Kaiser Alexander II. gesammelt wurden. Einen bedeutenden Beitrag leistete der Biysker Kaufmann A.F. Morozov. Auch 1.000 Rubel für den Bau kamen von den Erben des Biysker Kaufmanns N.P. Firsov.

Am 8. November 1892 weihte der Bischof von Biysk, Wladimir Sinykovsky, die Kirche. Dieses Ereignis fiel mit der Feier des 100. Geburtstags des Archimandriten Makariy Glucharev, des Gründers der Altai-Geistlichen Mission, zusammen.

Der Ziegelglockenturm mit Vorhalle wurde später, vermutlich 1903, auf Kosten des Kirchenältesten an die Kirche angebaut. Von 1899 bis 1919 hatte der Biysker Kaufmann V.M. Rybakov die Aufgaben des Kirchenältesten inne. Die alte Glockenstube wurde nach dem Bau der neuen abgerissen.

Die Kirche hatte ein Untergeschoss, das möglicherweise für die Einrichtung einer Krypta vorgesehen war. Am Tag der Weihe der Kazan-Kirche fand darin eine Volksversammlung zu Ehren des Archimandriten Makariy Glucharev statt.

Das Innere des Tempels wurde von einem geschnitzten, vergoldeten Ikonostase geschmückt, der wahrscheinlich in der Biysker Ikonostase-Werkstatt von A.A. Borzenkov gefertigt wurde. Für dessen Anfertigung spendete der Kaufmann A.V. Sokolov 2.200 Rubel, wofür er ein Dankeschön des Erzbischofs erhielt.

Die Kirche war gut mit liturgischen Gegenständen ausgestattet. Im Jahr 1890, während des Baus, spendeten die Moskauer Kirchen und Klöster auf Antrag des Moskauer Protopresbyters Ioann Rozhdestvensky und mit Genehmigung des Metropoliten Ioannikiy liturgische Gewänder und Gegenstände für den Kirchengebrauch.

Laut dem Erlass des Heiligen Synods vom 5. April 1905 war der Gemeinde zwei Priester, ein Diakon und zwei Psalmodisten zugeordnet. Die älteren Priester waren der Priester Alexiy Sokolov und der Protopresbyter Peter Benediktov, die sich abwechselten. Seit 1904 diente E.M. Yachmenev als Diakon, ein Absolvent der Biysker Missionskatechetenschule.

Im Jahr 1915 bestand die Kirchenleitung aus dem Protopresbyter Peter Benediktov, dem Priester Alexiy Sokolov, dem Diakon Trofim Tschernykh und den Psalmodisten Dmitriy Krivykh, Fedor Pechenin und Sergey Troitskiy.

Der Kirche gehörten zwei steinerne Kapellen: die Nikolaskapelle auf dem Messeplatz und die Iwerkapelle auf dem Marktplatz. In der Kirche fanden häufig Erzdiakonatsgottesdienste statt, die viele Menschen anzogen. Im Jahr 1920 waren die Priester der Kirche Peter Spodateiko und Varfolomey Shuklin.

In den 1920er Jahren ging die Kirche in die Obhut der reformistischen Organisation „Lebendige Kirche“ über. Im März 1926 fand hier ein Kongress des reformistischen Klerus und der Laien statt. Im April 1926 war der Priester Sergey Srebryansky der Pfarrer, gefolgt von Protopresbyter Sergey Stakhiev, der mit einem goldenen Brustkreuz ausgezeichnet wurde.

Im Jahr 1930 wurde die Kirche für Gottesdienste geschlossen. In der Sitzung des Präsidiums des Biysker Bezirksausführungskomitees am 10. August 1930 wurde beschlossen, das Gebäude aufgrund fehlender Gemeinde und der Weigerung, Steuern zu zahlen, an den Stadtrat als Klub zu übergeben.

Hinter dem Altar der Kirche befand sich ein Nekropolis mit etwa hundert Gräbern. Die Untersuchung der metrischen Bücher ergab die Namen von 73 Beerdigten. Die Schließung der Kirche führte zur Zerstörung des Nekropolis.

Im Jahr 2011 wurde eine Eisenplatte vom Grab des Hieromönchs Pavel an das Museum für die Geschichte der Altai-Geistlichen Mission übergeben.

In der Sowjetzeit wurde das Gebäude als Stall, Klub, Lager und Schießstand genutzt. Im Jahr 1990 wurde die Kirche den Gläubigen zurückgegeben, und Restaurierungsarbeiten begannen. Die erneute Weihe des Tempels fand am 6. Juni 1994 statt. Im Jahr 2013 erhielt die Kirche ihren historischen Namen zu Ehren der Kazan-Ikone der Gottesmutter zurück.

Zu den Heiligtümern der Kazan-Kirche gehören eine Kopie der Athos-Ikone des Heiligen Panteleimon, die Ikone des Heiligen Dimitri von Rostow und andere. Der Tempel spielt eine wichtige Rolle im geistlichen Leben von Biysk und der Biysker Diözese.