Монастырь был основан в 1598 году как мужская обитель на Красной гриве, возвышенности, защищающей его от весенних разливов реки Клязьмы. Из-за этого монастырь получил название Красногривский. Он никогда не входил в черту города Гороховец. В документах 1725 года его местоположение указано как деревня Знаменка около Гороховца.

Изначально все постройки были деревянными и возведены на средства Петра Лопухина на земле гороховских тяглых людей. В 1670 году была построена каменная церковь Знамения Богородицы. В 1723 году по указу Петра I монастырь, из-за малочисленности братии, был приписан к Флорищевой пустыни и стал её подворьем. После 1733 года к церкви Знамения Богородицы пристроили колокольню и тёплую церковь апостола и евангелиста Иоанна Богослова. В XVIII веке монастырь был окружён каменной оградой с башнями по углам.

В мае 1923 года подворье было ликвидировано, имущество конфисковано, а здания переданы Губмузею, который сдавал их в аренду. Наибольшие разрушения монастырь пережил в 1960-е годы, когда была снесена ограда. 24 июня 1994 года здания монастыря вернули церкви, и епископ Владимирский и Суздальский Евлогий Смирнов передал его Троице-Никольскому мужскому монастырю в качестве скита.

13 июня 1995 года начались ремонтно-восстановительные работы, а 6 октября того же года освятили престол малого храма в честь апостола и евангелиста Иоанна Богослова.

28 мая 1999 года архиепископ Владимирский и Суздальский Евлогий преобразовал Знаменский скит Троице-Никольского мужского монастыря в Знаменский женский епархиальный монастырь, вернув ему самостоятельность.

7 марта 2000 года Священный синод Русской православной церкви утвердил монахиню Раису Шибеко настоятельницей Знаменского женского монастыря. В 2006 году за усердное служение Церкви она была возведена в сан игумении.

В настоящее время в монастыре регулярно проходят богослужения, которые проводит иерей Феодор Закиров. Насельницы занимаются монастырским хозяйством, построены скотный двор и телятник, ведутся сельскохозяйственные работы, а также оказывается благотворительная помощь нуждающимся.