Das Kloster wurde 1598 als männliche Abtei auf dem Roten Graben gegründet, einer Erhebung, die es vor den Frühlingsüberschwemmungen des Flusses Kljasma schützt. Daher erhielt das Kloster den Namen Rotgräbiger. Es gehörte nie zur Stadt Gorochowiec. In den Dokumenten von 1725 wird sein Standort als das Dorf Znamjenka in der Nähe von Gorochowiec angegeben.

Ursprünglich waren alle Gebäude aus Holz und wurden mit Mitteln von Peter Lopuchin auf dem Land der Gorochower Leibeigenen errichtet. Im Jahr 1670 wurde die steinerne Kirche der Geburt der Gottesmutter erbaut. 1723 wurde das Kloster auf Befehl von Peter I. aufgrund der geringen Anzahl der Brüder der Florische Wüste zugeordnet und wurde deren Filiale. Nach 1733 wurde an die Kirche der Geburt der Gottesmutter ein Glockenturm und eine warme Kirche des Apostels und Evangelisten Johannes des Theologen angebaut. Im 18. Jahrhundert war das Kloster von einer steinernen Mauer mit Türmen an den Ecken umgeben.

Im Mai 1923 wurde die Filiale aufgelöst, das Eigentum beschlagnahmt und die Gebäude dem Gubmuseum übergeben, das sie vermietete. Die größten Zerstörungen erlitt das Kloster in den 1960er Jahren, als die Mauer abgerissen wurde. Am 24. Juni 1994 wurden die Gebäude des Klosters der Kirche zurückgegeben, und der Bischof von Wladimir und Suzdalskij, Evlogij Smirnov, übergab es dem Dreifaltigkeits-Nikolai-Männerkloster als Einsiedelei.

Am 13. Juni 1995 begannen die Renovierungs- und Wiederherstellungsarbeiten, und am 6. Oktober desselben Jahres wurde der Altar der kleinen Kirche zu Ehren des Apostels und Evangelisten Johannes des Theologen geweiht.

Am 28. Mai 1999 verwandelte der Erzbischof von Wladimir und Suzdalskij, Evlogij, die Znamensky-Einsiedelei des Dreifaltigkeits-Nikolai-Männerklosters in das Znamensky-Frauen-Eparchialkloster und gab ihm die Selbstständigkeit zurück.

Am 7. März 2000 bestätigte der Heilige Synod der Russisch-Orthodoxen Kirche die Nonne Raisa Shibeko zur Äbtissin des Znamensky-Frauenklosters. Im Jahr 2006 wurde sie für ihren fleißigen Dienst an der Kirche zur Äbtissin erhoben.

Derzeit finden im Kloster regelmäßig Gottesdienste statt, die von Priester Theodor Zakirov geleitet werden. Die Nonnen kümmern sich um die Klosterwirtschaft, es wurden ein Viehstall und ein Kalbstall gebaut, landwirtschaftliche Arbeiten werden durchgeführt und es wird bedürftigen Menschen wohltätige Hilfe geleistet.