История железной дороги на Кубани берет свое начало 2 июля 1872 года, когда в Санкт-Петербурге был утвержден Устав Ростово-Владикавказской железной дороги. Учредители обязались построить две линии: Ростово-Владикавказскую и Новороссийскую, проходящую от станции Тихорецкая через Екатеринодар до Новороссийска. Сроки строительства были строго соблюдены: первая линия начала работу 2 июля 1875 года, а вторая, 25 июня 1888 года.

Позже были введены в эксплуатацию дополнительные ветви, такие как Минераловодская, Петровско-Дербентская, Дербент-Бакинская, Кавказско-Екатеринодарская, Азовская и Екатеринодарская. К 1887-1888 годам на станции Екатеринодар был построен вокзал, двухэтажное кирпичное здание с одноэтажными перемычками от зала ожидания. Здание площадью 308 квадратных саженей украшали башенки, каменное кружево и красная черепица. Платформа была асфальтирована. На территории станции находились почтовая контора и 40 жилых домов для начальства и персонала, а также железнодорожное училище для детей железнодорожников и дом для учителей.

Главным строителем Владикавказской железной дороги был барон Рудольф Васильевич Штейнгель. Во время Великой Отечественной войны Краснодарский вокзал был разрушен, но после освобождения города начались восстановительные работы. Через семь лет, 21 мая 1952 года, состоялось торжественное открытие нового здания вокзала Краснодар-1, спроектированного архитектором Г. Волошиным. Новый вокзал был больше прежнего, а его отличительной чертой стали часы диаметром 2 метра 20 сантиметров, изготовленные мастерами Московского механического института.

С развитием города вокзал снова перестал удовлетворять потребности большого города, и его здание было реконструировано. Современный вокзал стал более привлекательным, вместительным и удобным. Однако, как долго его площади будут соответствовать нуждам постоянно растущего города, остается неизвестным.