La historia del ferrocarril en Kubán comienza el 2 de julio de 1872, cuando se aprobó en San Petersburgo el Estatuto del Ferrocarril Rostov-Vladikavkaz. Los fundadores se comprometieron a construir dos líneas: la Rostov-Vladikavkaz y la Novorossiysk, que pasaba por la estación Tikhoretskaya a través de Ekaterinodar hasta Novorossiysk. Los plazos de construcción se cumplieron estrictamente: la primera línea comenzó a operar el 2 de julio de 1875, y la segunda, el 25 de junio de 1888.

Más tarde se pusieron en funcionamiento ramas adicionales, como la Mineralovodskaya, la Petrovsk-Derbent, la Derbent-Bakinskaya, la Caucásica-Ekaterinodar y la Azovskaya. Para 1887-1888, se construyó en la estación de Ekaterinodar una estación, un edificio de ladrillo de dos pisos con tramos de un piso desde la sala de espera. El edificio, con un área de 308 sazhenes cuadrados, estaba decorado con torres, encajes de piedra y tejas rojas. La plataforma estaba asfaltada. En el territorio de la estación había una oficina de correos y 40 casas residenciales para el personal y la dirección, así como una escuela ferroviaria para los hijos de los ferroviarios y una casa para los maestros.

El principal constructor del ferrocarril Vladikavkaz fue el barón Rudolf Vasilyevich Steingel. Durante la Gran Guerra Patriótica, la estación de Krasnodar fue destruida, pero tras la liberación de la ciudad, comenzaron los trabajos de restauración. Siete años después, el 21 de mayo de 1952, se llevó a cabo la inauguración solemne del nuevo edificio de la estación Krasnodar-1, diseñado por el arquitecto G. Voloshin. La nueva estación era más grande que la anterior, y su característica distintiva eran los relojes de 2 metros y 20 centímetros de diámetro, fabricados por maestros del Instituto Mecánico de Moscú.

Con el desarrollo de la ciudad, la estación volvió a dejar de satisfacer las necesidades de la gran ciudad, y su edificio fue renovado. La estación moderna se volvió más atractiva, espaciosa y cómoda. Sin embargo, cuánto tiempo más sus instalaciones satisfarán las necesidades de una ciudad en constante crecimiento sigue siendo desconocido.